我国的畜禽地方品种不仅数量众多，而且种质特性各异，为世界一些重要品种的育成做出过重要贡献。“十二五”以来，按照“依法保护、科学利用”的原则，农业部和地方各级畜牧兽医部门通过强化政策支持、科技支撑、法制保障等措施，畜禽遗传资源保护和利用工作取得显著成效。支持保障能力进一步增强，科技创新水平进一步提高，资源开发潜力进一步显现，政策法规体系进一步健全，资源文化氛围进一步浓厚。
尽管我国的畜禽遗传资源保护与管理工作取得了一定成绩，但我们也应清醒地看到，畜禽遗传资源保护面临着许多急需解决的问题：一是保种体系尚不健全。保种场、保护区、基因库三位一体的保种体系和遗传物质交换机制尚未完全建立。二是保种投入不足。多数国家级场区库的设施设备陈旧，手段落后，人员老化，人才流失严重。三是科学评价工作滞后。对保存品种的种质特性发掘和评估不全面，品种登记、性能测定等保种工作尚未有效开展。四是开发利用不足，多数国家级保种单位处于被动保种状态。以上这些问题，若得不到及时有效解决，将严重影响我们的保种效果。
当前，我国正处在由传统畜牧业向现代畜牧业转变的关键时期。深入贯彻落实畜牧法，促进畜牧业可持续发展，全面做好畜禽遗传资源保护与利用工作，必须正确把握以下三个方面的关系：
一是正确把握加快畜牧业发展与保护品种资源之间的关系。在畜牧业发展过程中，畜禽品种改良为增加畜产品产量，满足市场需求发挥了积极作用。但也应该看到，在用外来品种改良地方品种的同时，一些地方品种固有的特性也随之丢失。这种改良满足了数量需求，失去了风味；增加了产量，降低了适应性。即使一些在当前看来生产性能不高的地方品种，其蕴藏的科学价值和经济价值也许是巨大的，一旦被发掘便会成为重要的经济资源。因此，要坚持保护利用和引进改良并举，眼前利益和长远利益相结合，改变以往畜禽品种改良工作中的改良就是“改洋”，就是引进外来“洋种”、淘汰地方“劣种”的片面观念，坚持走可持续发展的道路。特别需要强调的是，当前全国正在实施的畜牧业良种补贴项目，一定要处理好保护资源和发展生产二者之间的关系，绝不能为了满足消费市场的一时需求，泯灭了未来育种所依赖的大量遗传资源。
二是正确把握资源保护与开发利用之间的关系。我们保护畜禽遗传资源的目的是为了更好地利用，利用是为了更好地促进保护，保护是前提，利用是目的。我国畜禽遗传资源丰富，需要保护的种类多、分布区域广、保护难度大。加之部分畜禽资源正濒临灭绝，有的甚至已经绝种，资源恢复十分困难。当前既要统筹规划，又要突出重点。在保护上，中央和各地应分别对国家级和省级畜禽保护品种实行重点规划，明确目标，科学保护。在开发利用上，要重点投入，因地制宜有序利用，实现在保护中开发，在开发中利用的良性循环机制。理清工作思路，对开发利用较好的地方品种，要加强对保种工作的技术指导，对尚未开发利用、但具有潜在价值的品种，要加强政策扶持和技术指导。
三是正确把握政府、企业、个人在资源保护与利用工作中的关系。畜禽遗传资源保护与利用工作是一项公益性、社会性的事业，也是一项长期性的任务。资源保护以国家为主，鼓励和支持有关单位、个人依法发展畜禽遗传资源保护，形成多元化保护与开发利用的局面。政府运用政策、法律和经济的手段，使资源得到有效、持续的保护。要鼓励多种所有制企业集团参与资源保护与利用工作，积极引导工商资本、民间资金参与资源的保护和开发利用，促进资源保护、产品开发、加工销售与市场拓展有机结合，把资源的潜在优势转化为企业的经济效益，开辟资源保护与利用的新途径。在这些方面，一些地方经过长期摸索，已经积累了许多多元化保护与开发利用的经验，各级管理部门要及时总结经验，研究推广。
