近年来，根据市委、市政府现代都市农业空间发展规划的要求，武汉市畜牧业实现了由传统养殖向现代生态种养循环的转变。主要做法是：
一是加强资源化循环利用。据统计全市畜牧业配套建设种养循环农场和用于消纳沼液的土地面积超过30万亩，猪-沼-菜、猪-沼-稻、猪-沼-鱼、猪-沼-果等循环农业模式得到广泛应用。据初步框算，全市畜禽粪便综合利用率达到90 %。全市畜禽养殖污水处理利用率达到82%。
二是加强养殖小区污染综合治理。为做好畜禽小区粪污综合治理工作，市农委和市环保局制定了联席会议制度，定期就环境综合治理工作进行对接，并制定了沼气利用、垫料吸附、污水处理、种养结合和有机肥生产等五种治污模式。近年来，全市用于畜禽养殖小区新建或完善治污设施的资金达到2.8亿元，共建设大中型沼气池135个，沼气容量10.1万立方，向周边农民供气5461户；建污水处理厂29个，日处理污水5100吨；建有机肥加工厂42个，年生产和销售有机肥13万吨；采用生物垫料吸附零排放的小区15个，全市有200个畜禽养殖小区通过了市级环保达标验收。
三是加强病死畜禽无害化处理工作。为构建病死畜禽无害化处理和监管长效机制，防止动物疫病传播，保障畜牧业健康发展和畜禽产品质量安全，统筹规划了全市病死畜禽无害化处理系统及收集体系。目前，江夏区、蔡甸区、汉南区已建成投产，东西湖区及各中心城区（不含东湖风景区)区级病死畜禽无害化收集点已建成；全市64个乡、镇（街道）病死畜禽无害化收集点已建成。