中国科学院院士桂建芳从水产遗传育种的重要性和研究基础出发，指出国内遗传育种产业存在的问题。“在基础研究方面，基础研究投入低，满足不了良种培育需求；优异种质资源挖掘深度、广度不够；重要经济性状遗传机制解析不够深入；在前沿、共性技术上，基因编辑等新技术尚未广泛应用，缺乏快速育种技术；现代育种技术体系尚需完善，在品种培育上也存在很多问题，一是对原种依赖程度过高，缺乏突破性新品种；二是多个优良性状综合新品种极少；三是良种覆盖率和遗传改良率水平亟待提高。而在示范应用上，规模化种苗生产技术滞后，繁育养殖技术急需提升；商业育种模式需进一步完善，产业技术标准需要制定；产业链不完善，集成度低，缺乏‘育－繁－推’一体化龙头企业。”
除了遗传育种、养殖加工外，病害防控也是水产养殖中的重要一环。关于水产养殖的病害问题，华东理工大学教授张元兴表示，密集的动物群体发生感染性病害是普遍规律，而海水养殖鱼类的集约化养殖必定经受病害疫情的考验，养殖时间越长，病害越多，病毒病是未来养殖的潜在危险。在海水养殖鱼类防病体系中，他认为，病害控制方面我们是严重失衡的。养殖环境、药物治疗、病害控制都有了一定的发展，唯独在疫苗应用上缺了一条腿，完全没有疫苗的应用。
据“大黄鱼之父”刘家富在对繁养技术的分析中认为，在创新后，育苗技术从海水鱼全长25毫米出苗量约为2000尾/立方米到1万尾/立方米（正常密度，不主张更高密度），在养殖方面，也从传统的10多平方米的小网箱，由小改大，由浅改深，提高效率，减少人工费用，同时随之网箱空间的加大，水流更为畅通，养殖出来的鱼质量也更好。
