全国食品抽检已经连续进行了三年进行，一些社会关注度较高的食品品种和指标抽检合格率逐年提高。
2016年，国家食药监总局在全国范围内组织抽检了25.7万批次食品样品，总体抽检合格率为96.8%，与2015年持平，比2014年提高2.1个百分点。2017年的食品抽检将更有靶向性，使经费更有的放矢。
国家食品药品监督管理总局副局长郭文奇在新闻发布会上介绍， 2016年基本实现了食品种类、获证企业、检验项目、经营业态、行政区域五个全覆盖； 风险分级原则得到更好实现，安全项目、高风险品种、市场份额较大企业作为抽样重点； 四级布局分工更为合理，总局和省、市、县抽检的企业、项目各有侧重，实现了各级监管力量的优势互补。
据郭文奇介绍，2016年抽检发现的不合格产品中，主要问题有：一是超范围、超限量使用食品添加剂，占不合格样品的33.6%。二是微生物污染，占不合格样品的30.7%，其中因致病性微生物导致的不合格样品占此类不合格的25.6%。三是质量指标不符合标准，占不合格样品的17.5%。四是重金属等元素污染，占不合格样品的8.2%。五是农药兽药残留不符合标准，占不合格样品的5.5%。六是生物毒素污染，占不合格样品的1.1%。七是检出非食用物质，占不合格样品的0.7%。八是其他问题，占不合格样品的2.7%。
国家食药监总局食品监管一司司长张靖表示，对于一些企业，总是大错误不犯，小错误不断，过去没有办法处理，现在新修订的《食品安全法》有了一条收底条款规定，食品生产经营者一年内累计三次因为违反本法规定受到责令停业、吊销许可证以外处罚的，由食品药品监督管理部门责令停产停业，直至吊销许可证。
针对2017年的食品抽检，郭文奇表示，要更加聚焦靶向。从检验项目看，更突出系统性、区域性风险抽检，如蔬菜、茶叶中的农药残留，畜禽肉及肉制品、水产品和鸡蛋中的兽药残留等，而近三年未检出不合格样品的部分项目暂不列入抽检计划；对日常检查发现或投诉举报的问题及时安排抽检。
国家行政学院副教授胡颖廉在接受第一财经记者采访时也表示，后续抽检要更有代表性和针对性，更多抽检风险集中的环节和领域；要在强调千人抽检批次的基础上提升靶向性和捕获率；处理好快检和抽检的关系。
国家食药监总局食品监管三司司长王红表示：“我们强调”四级“都有靶向，并不是总局集中实施。”
据王红介绍，总局的五个靶向是： 一是时间上，分季度对应季的食用农产品，主要是鲜活的。二是地域上，前几年大数据分析以后很多问题有高度的集中区域，所以对既往抽检发现问题比较集中的区域进行专项食品的抽检。三是对重点企业进行抽检，总局主要是对市场占比比较高的大型企业进行抽检。四是总局侧重对检验方法比较新的、社会敏感度、关注度比较高的项目进行抽检。五是对舆情及社会反映的热点问题安排专项抽检。
此外，王红还表示，省里主要是三个靶向：一是从规模上主要对本省的大型企业以及大型批发市场、连锁超市和大型餐饮企业进行抽检。二是从风险程度上对本省本地区多发性的风险较高的食品品种和项目进行抽检。内部信息系统是互联共享的，并且省里重点组织对中小学、幼儿园食堂、学校周边、城乡结合部这些重点场所进行抽检。三是对问题集中度上对既往检出发现过甚至两批次或者多批次的企业进行跟踪性抽检。市里的重点也比较明确：一是对本地区市场销售的蔬菜、水果的农兽药残留，畜禽肉水产品的兽药残留进行抽检。二是对市县餐饮食品特别是小餐饮的抽检力度。三是对小作坊、小摊贩抽检力度。
