有些地区在划定“禁养区”并进行清理整治时，对“禁养区”概念存在误读情况，主要表现为，在划定的“禁养区”实行“全面禁养”，即划定区域内一头猪或其他畜禽也不能养，现有养殖活动一律限期清理。
从法律概念来说，“禁养区”是指禁止建设养殖场和养殖小区的区域，即禁止建设达到省级人民政府设定养殖规模以上养殖场所的区域，湖北省人民政府确定我省规模养殖标准为：生猪≥500头(年出栏)、奶牛≥100头(存栏)、肉牛≥50头(年出栏)、蛋禽≥5000只(年存栏)、肉禽≥10000只(年出栏)。对于规模以下的养殖户来说，不是要禁止其养殖行为，而是指导其做好养殖污染防治工作。
此外，《湖北省畜禽养殖区域划分技术规范(试行)》规定，禁养区内，因教学、科研、旅游以及其它特殊需要，经当地人民政府批准保留并完善了畜禽养殖污染防治工程措施的畜禽养殖场，不在关停转迁之列。设此规定，实际上是为完全做到清洁养殖、绿色发展的规模养殖场开了个口子。
“限养区”≠“少养区”
限养区”是在一定区域内，结合区域环境容量，限定畜禽养殖污染排放问题的区域。限养区不是对畜禽养殖量的限制，而是对畜禽养殖污染物排放总量的限制。
限养区内，畜禽规模养殖场（小区）必须实现废弃物全部资源化利用或达到城市生活污水排放标准，即COD低于 150mg/L、氨氮低于40mg/L。也就是说，只要能够做好养殖污染防治工作，不对环境造成污染，限养区内对养殖量是不限制的。对于限养区内不能做好污染治理工作的养殖场（小区），由县级以上地方人民政府限期关停转迁。
“适养区”≠“随意养殖区”
在适养区开展养殖活动，也应以区域环境承载力为基础，合理规划和布局畜禽养殖行为，实现废弃物的循环综合利用或达到国家《畜禽养殖业污物排放标准》（即 COD低于400mg/L、氨氮低于80mg/L）。适养区与限养区的区别在于排放标准的不同，限养区的排放要求更加严格。适养区，同样也不能发生养殖环境污染问题。
粪肥还田≠向环境排污
不少地方对畜禽粪肥、粪浆液态肥、沼渣、沼液等还田利用心存疑虑，看到液态肥、沼液等还田就认为是“将污染物排到田里”，是污染环境的行为。其实，粪肥等还田利用和向环境排放污染物有本质区别。
排放污染物是将本生产环节没有利用价值且不会再进入下一个生产单元的产物排放到环境中予以处置的行为，只会增加环境污染负荷，不会带来任何经济上的增值。粪肥等还田利用只要符合《畜禽规模养殖污染防治条例》相关规定，做到无害化并符合土地消纳利用需求，则不会导致污染，反而会为土壤和植物提供养分，提高种植业生产单元效益。
