为贯彻落实《水污染防治行动计划》（国发〔2015〕17号）、《环境保护部农业部关于进一步加强畜禽养殖污染防治工作的通知》(环水体〔2016〕144号)等文件精神，合川区切实做好畜禽养殖污染综合防治工作，着力推广种养循环、生态养殖、畜禽养殖废弃物综合利用等多元化处理模式，促进现代畜牧业健康、绿色发展。
一是推行畜禽标准化养殖场建设。按照“一符合二分离三配套”的原则，建设畜禽标准化养殖场，引导畜禽规模养殖场配套建设与养殖规模相适宜的粪污处理设施。大力推广农牧结合、种养平衡、生态循环的发展模式，鼓励生态消纳。周边消纳土地不足的大型畜禽养殖场，鼓励采取养殖粪污深度处理工艺，达到国家相关标准后再行还田利用或达标排放。
二是改善粪污处理设施。改水冲清粪或人工清粪为漏缝地板下刮粪板清粪、改无限用水为控制用水、改明沟排污为暗道排污，固液分离、雨污分流。引导养殖业主采取新(改)建沼气池、贮存池、化尸池、干粪堆积间及有机肥处理间。
三是优化粪污处理工艺。采取养殖密集区废弃物集中无害化处理，推广“粪车转运-机械搅拌堆肥-堆制腐熟-粉碎-有机肥生产”的粪便处理工艺，制造生物有机肥；推广“养殖场户污水暂存-吸粪车收集转运-固液分离-高效生物处理-肥水贮存-农田综合利用”的污水处理工艺，全区800余家养殖场正推广实施，努力实现畜牧粪污处理规范化、无害化、高效化。
四是大力推进禁养区畜禽养殖场搬迁取缔工作。通过召开专题推进会，分片分组入户摸实情况和数据，印发畜禽养殖污染整治通知书200余份，耐心劝导动员业主积极主动关闭或搬迁，指导有条件的养殖场进行转产或搬迁建设。
五是合理规划布局。按照《重庆市合川区人民政府关于印发合川区畜禽养殖区域划分管理规定的通知》（合川府发[2013]15号）划定畜禽养殖禁养区、限养区、适养区，合理规划布局畜禽养殖场，严格落实区域内污染防治措施和畜禽废弃物产生、利用和主要污染物排放总量控制要求。