随着湖南桃源县畜牧业养殖规模的进一步扩大，畜禽养殖废弃物的产生量也不断增多，从而带来了环境污染、疫病传播等突出的社会问题。从2012年开始，桃源县委、县政府利用行政、经济、法制等综合措施，推动畜禽养殖废弃物处理和资源化利用工作。不仅组建了专门的班子，还先后出台了一系列文件（《桃源县畜禽养殖管理暂行办法》、《桃源县畜禽养殖区域划分方案》、《关于印发桃源县畜禽规模污染防治工作方案》等），把畜禽粪污综合治理工作纳入乡镇、县直相关职能部门的年度绩效考核，畜禽粪污综合治理工作正在向制度化、规范化迈进。同时，实行政策倾斜并安排专项资金。县财政每年拨付100万元专款用于畜禽养殖污染治理工作。
在粪便的处理与资源化利用方面，该县通过改畜禽养殖场（户）的水冲和水泡方式清粪为干清方式收集粪便；在污水的处理与资源化利用方面，采取沉淀池沉淀的物理处理模式，结合采取生物学处理，即厌氧处理模式（沼气配套模式）。
据悉，桃源县引进山东胜利油田胜动集团与长沙宝诚节能技术有限公司，投资6000万元在集中养殖区域深水港兴建了鸡粪沼气发电厂——宝胜沼气发电厂，该项目年可处理粪污20万吨。目前，第一台发电机组各项工作准备就绪，正在预备发电中。此外，全县中小型养殖场及农户多采用沼气配套模式（结合农村能源与美丽乡村建设配套工程）。据统计，全县户用沼气用户5.71万户，年可消纳粪便28万吨（400公斤/月、户）；中小型沼气用户386户，年可消纳粪便100万吨；大型沼气用户11户，年可消纳粪便40万吨。
另外，桃源县还在集中养殖区域陬市镇投资5000万元，兴建了年处理畜禽粪污20万吨、年加工有机肥5万吨的大型有机肥厂，已建成投产3年，年可处理畜禽粪污4万吨，生产有机肥1.2万吨。
据了解，全县因地制宜，分品种实施不同粪污治理模式。对蛋鸡养殖场（户）实行发酵分解（有机生物床）治理；对生猪养殖场（户）实行绿尾狐藻湿地生态治理。通过在漳江、深水港、陬市、枫树等集中养殖区办点示范来看，效果明显。
2016年已带动落实生物床治理117户，绿尾狐藻治理28户。
对于畜禽养殖场（户）的污水处理，桃源县主要采用沉淀池沉淀模式。全县90%以上养殖场均配套建设污水沉淀池，特别是猪场、牛场与羊场，在前几年进行标准化规模养殖场（小区）项目建设和畜禽养殖标准化示范创建工作中，都要求配套设计沉淀池。