镇巴县位于长江两大水系——汉江、嘉陵江支流源头，是国家“南水北调”工程水源地重点保护区。近年来，各级政府采取多种措施，加大扶持力度，促进全县畜禽养殖业快速发展，然而随着养殖业的发展，畜禽粪污的不规范排放给环境造成了极为严重的污染。为认真贯彻落实省委环境保护督察反馈问题和县委县政府环境保护“三大一严”百日会战行动部署，镇巴县农业局组织精兵强将，从3月25日开始，集中开展畜禽养殖场污染治理摸排整改工作。排查的重点区域是水源地及河道两岸，公路主干道沿线和居民集聚区的畜禽养殖场。
在各镇人民政府的大力支持下，截止4月10日，全县共排查了20个镇80余个畜禽养殖场。经归类总结，主要存在以下问题：
一是有10个养殖场未经过环境影响评价，将养殖场建在河流、集镇、居民搬迁点、主干公路1000米以内这些环境影响敏感地方，污染隐患极大。
二是部分养殖场环保设施建设较差，没有和养殖场圈舍、办公用房等建设同步进行，环保设施建设欠账较多。
三是沼气工程运转 不正常。9个养殖场建有沼气池，因缺少清运沼渣沼液运输工具，产气间被沼液挤占而不产气，或管道老化，漏气等原因，沼气工程没有发挥出治污的主力作用。
四是没有完全实现干湿分离，雨污分离。多部分养殖场采用水冲圈，雨污没分离，干湿不分离，污水产量大，化粪池只有一二级发酵沉淀，没有达到三级沉淀发酵排放的要求。
五是个别养殖场未建设任何治污设施设备，粪污不经任何处理直接排放，污染隐患极大。
针对上述存在的问题，已及时向县级主管部门提出了整改措施和建议。