耗水、污染成为目前北京市畜牧业发展过程中两大突出问题。2016年年底前，北京市将依法关闭或搬迁禁养区内的畜禽养殖场和养殖专业户。除了育种、科研用途外，全市禁止新建、扩建规模化养殖场。
目前本市登记的畜禽规模养殖场共有2287个，生猪出栏同比调减5.2%，肉禽出栏同比调减11%，牛奶禽蛋产量与去年基本持平。在粮食、肉蛋奶供给不再短缺的时代，城市水资源短缺和生态环境污染成为发展畜牧业两个突出问题。去年出台的“水十条”中明确提出“要防治畜禽养殖污染”，划定畜禽养殖禁养区。
本市将根据划定的禁养区，依法关闭或搬迁禁养区内的畜禽养殖场和养殖小区。除了育种、科研用途外，全市禁止新建、扩建规模化养殖场，禁止在水源保护区、自然保护区及其他环境敏感区域新建水产养殖场。
对现存的畜禽养殖，要求和标准也将更为严格。规模化畜禽养殖场所要根据污染防治需要，配套建设粪便污水贮存、处理、利用设施，散养密集区要实行畜禽粪便污水分户收集、集中处理利用。
在推进畜禽养殖场污染物防治的同时，本市还将开展粪便无害化处理与快速发酵、有机肥加工、污水资源化利用等，降低COD、BOD含量，与牧林结合、牧粮结合，实现资源化利用。