随着西药耐药性的增加，以及人们对食品安全认知度的提高，中兽药的研究应用受到了前所未有的青睐，但是目前大多数中兽药产品均为散剂，科技含量低，无法满足市场的需求。由于中药具有其本身的特殊性，因此，中兽药的研发应侧重以下四个方面。
一、提高中兽药的研发质量
提高中兽药的质量，应运用各种有效方法与先进仪器设备来进行分析检验。但是中兽药的质量控制不同于一般的化学药品制剂分析，直接搬用化学药物的一套质量标准要求是不够科学和合理的，应根据中兽药自身性质特点来考虑。
药物质量的好坏，直接影响到预防和治疗的效果，只有控制好中兽药的质量，才能保证临床用药安全、合理、有效。
二、加强中兽药新药研发
中兽药发展要避免低水平重复生产，必须走自主创新的路子。技术创新是企业竞争力的核心，是企业可持续发展的保证，中兽药的发展需要科技支持，企业效益高低很大程度上取决于产品开发水平和能力，只有走创新之路才能增强企业发展的后劲。
将中药用于治疗畜禽疾病在我国已经有几千年的历史，继承和创新是兽医中药科学发展不可分割的两个方面。兽药生产企业应增加新产品开发的资金投入，吸引和培养具有创新能力的人才，结合市场需求，开发切实有效的新型中兽药制剂，同时要吸收先进的制剂工艺应用于中兽药生产。
作为兽药生产企业，要想走自主创新的路子，还应加大对外交流合作的力度，开展与国内外科研单位、大专院校进行高层次的往来与实质性合作，在中兽药课题研究、项目实施等方面，以委托开发、联合实施、合作研究等形式，进行多方面多层次合作与交流，以提高中兽药的整体水平。同时应积极参加各种学术活动，把握全国乃至世界中兽药科技前沿，增强创新能力。并鼓励科技人员积极参与中兽药现代化方面的学术研究，扩大中兽药行业在国内外的影响，传播中兽药生产的新技术、新成果。
三、根据养殖模式调整研发思路
2006年以来，高致病性猪蓝耳病袭击养猪业，疫情暴露出了当前养殖模式的弊端，这使兽药从业者清醒认识到未来养殖模式的改变，而养殖模式的改变可能会引发兽药格局的新变化：从个体动物给药改为群体给药，从治疗用药改为预防用药。
2003年中药防治SARS的成功实践，使许多有识之士认识到，中药对传染性疾病的防治大有作为。当前疫病流行特点多呈现非典型病毒病、细菌病混合感染、继发感染的情况，因此，在西药的薄弱领域可充分发挥中兽药的优势。
在中兽医“治未病”未病先防的理论思想指导下，兽药企业应改变生产格局，增加中兽药口服液、颗粒剂等饮水给药方式的中兽药生产。针对水产养殖增加防虫药、消毒药、蜕皮促长药的中兽药生产；针对特种养殖则增加止血药、促毛皮光亮药的中兽药生产；特别是针对当前的大规模养殖模式、疫病容易发生的状况研究和开发增强免疫力和抗毒抗菌的新制剂。
另外，也应使中兽药积极参与到动物疫病防治中来，中医防治体系中“未病先防”，“既病防变”的思想一样可以应用到动物防疫中来，因此，可以研究开发一些抗应激、抗细菌、抗病毒的中兽药来充分调动动物机体的非特异性免疫力，协调机体生理机能，使动物体内正盛邪衰，使其达到治其未生、治其未发、治其未成、治其未传的作用，充分发挥中兽药“治未病”的作用。
四、中兽药研发应突出兽用特色
在当今的中兽药生产中，所用原料绝大部分来源于人药材市场，但是兽用的中药原料有它的特殊性，兽医常用中药品种和人医常用中药品种还有很大的不同，所以，人用中药材市场并不能满足兽用的需要，这就需要我们大力开展兽用中药材品种的培育和种植，发挥优势，突出特色。
企业应抓住机遇，结合中药材规范化种植基地建设，突出兽用特色，选择批量大、品质优良的地道药材，在技术先进、工艺规范、质量可控的基础上建成现代化兽用中药饮片生产基地，促进兽用中药饮片向标准化、规范化、规模化发展。
