牛舍和环境消毒首先要进行彻底的清扫和清洗，对洪水淹过的牛场、牛舍要清除淤积的泥土、砂石、粪便、垃圾及各种污物。按照由远及近、从上至下、由里到外的顺序逐一清扫和清洗，全方位不留死角。经过认真彻底清扫和清洗，不但可以清除大部分病原体，还可以大大减少粪便、垃圾等有机物的数量，有利于化学消毒剂发挥作用。彻底清扫清洗后即可进行化学消毒，一般要求使用2～3种不同作用类型的消毒药，进行2～3次消毒。
第一次消毒可用碱性消毒药，如2%～3%的火碱或10%～20%的石灰乳，用来粉刷地面、天棚、墙壁等，用2%火碱水溶液还可用于喷洒消毒。
第二次消毒可用酚类（菌毒敌）或氧化剂（过氧乙酸）进行喷雾消毒。第三次用甲醛熏蒸消毒。应事先计算好消毒舍的容积，每立方米用甲醛42毫升、高锰酸钾21克，关闭牛舍门窗及通气孔，舍内温度应在20℃左右，相对湿度70%以上，一般消毒24小时，而后打开门窗通风即可。
道路及运动场消毒可用10%～20%漂白粉混悬液或干粉撒布，也可用1：200倍的复合酚喷洒。潮湿地面、粪池、粪堆及污水沟可撒布生石灰，干处撒生灰不起消毒作用，因生石灰遇水生成氢氧化钙，即熟石灰，解离出氢氧离子产生消毒作用。石灰乳应现用现配，配好后宜当天用完。
水源和饮水消毒几乎所有牛场都是用水井里的水，水井被洪水淹没后，要先把井水淘净，清除淤泥，按体积每立方米水加漂白粉6～10克，将井封闭6小时后再用。饮水消毒应选择有效、安全且无毒、副作用及产品中无残留的消毒药，可事先将消毒药在另外的容器内调成稀释液，然后放在饮水器或饮水槽内让畜禽饮用。
一般常用消毒剂有：漂白粉，每升水中加0.3～1.5克；20%过氧乙酸，每升水加1毫升；50%百毒杀，每升水加1～2毫升。建议对牛群进行喷雾消毒，既能直接杀灭隐藏于牛舍内环境（包括空气中）的病原微生物，又能直接杀灭牛体表、呼吸道浅表滞留的病原体，预防牛的传染性鼻气管炎、气喘病等呼吸道疾病。
此外，喷雾消毒还能沉降粉尘、防暑降温、提供湿度、净化空气、改善牛舍环境。操作时要让喷雾器的喷头向上喷雾，使雾滴向下落，雾滴小为好。常用的消毒药使用浓度为百毒杀0.015%；过氧乙酸0.2%～0.3%；次氯酸钠0.2%～0.3%；菌毒敌（复合酚）1：250～300。
设备用具消毒养牛场各种设备用具很多，它们的材质、用途各不相同，所以采取消毒方法也不一致。工具类可用高锰酸钾熏蒸，料桶、饲槽、水槽、水桶、挤奶器等，要先用2%火碱刷洗，然后再用清水冲洗使用；车辆（包括汽车、四轮车、手推车等）要进行喷洒，工作服要清洗后消毒或用紫外线灯照射均可。
