农业部副部长危朝安日前在此间召开的全国经济作物优势区域规划实施成果交流会上指出，我国农业产业化经营在快速发展中反映出一系列新的矛盾和问题：
一是受疫病和生产成本上涨的影响，一些养殖及加工龙头企业效益下降，带动力减弱。据对伊利、蒙牛、三鹿、光明等１３家乳制品企业调查，近几年，市场营销费用、管理费用、劳动力费用明显提高，乳制品生产成本不断增加。与２００５年相比，２００６年白糖价格上涨３０％，牛奶包装材料受原油涨价影响上涨５５％。但鲜奶及乳制品的零售价格却变动不大，导致乳制品企业的利润率不断下降，奶农利益受到影响。
二是利益联结关系不够紧密，产业组织形式有待完善。龙头企业与农户的利益联结机制和制度建设还不够完善，订单的数量和质量虽有提高，但遇到市场波动违约现象仍时有发生，缺乏有效约束。联结企业与农户的服务组织有了比较大发展，但相互之间的利益保障还相对松散，运作管理不规范，服务功能还不强，入会入社的农户占全国农户总数的比例偏低。涉农行业协会协调行业发展、约束企业自律、产业自我保护的作用不足。一些龙头企业带农、惠农意识不强，个别企业存在着损害农民利益的行为，这些问题必须引起高度重视。
三是部分行业加工产能提升较快，基地建设相对滞后。近年来，随着国民经济的快速发展，龙头企业生产加工能力迅速提升，但同时在一些地方也出现了企业生产基地分散，规模化、标准化程度不高，社会化服务跟不上，基础设施不配套等问题。企业跨区域收购的扩大，也使加工原料的质量安全保障受到影响。
四是受国际市场变化、贸易壁垒影响，出口型龙头企业面临诸多困难。随着我国农产品出口规模扩大，已经引发一些国家更多的贸易限制措施。这些国家利用消费者对食品安全的关注，有的甚至故意刁难、小题大做，不断提高农产品的市场准入门槛，日本"肯定列表制度"标志着发达国家的技术壁垒已趋向制度化、法律化，对我国农产品出口负面影响将在今后一个时期持续存在。一些企业反映，人民币对美元升值，也直接减少了企业收入。
五是农村新型市场主体成长较快，对政府宏观调控、管理和服务提出了新的要求。当前，各类龙头企业、农民专业合作经济组织、农村经纪人等产业化组织成长迅速，在农业农村经济发展中的作用和影响越来越大，对加强和改善行政管理、宏观调控、市场秩序、公共服务等都提出了新的要求。如何遵循市场规律，提高调控、管理和服务水平，成为摆在我们面前的新课题。
