为全面贯彻落实《农产品质量安全法》和《国务院关于加强食品等产品安全监督管理的特别规定》，市农林局全面部署了全市农产品质量安全专项整治和专项执法行动方案，在全省率先提出了农产品质量安全专项整治实现“五个100％”的奋斗目标——县城以上的农产品批发市场100%纳入质量安全监测范围，在全国例行监测中，地产蔬菜农药残留检测合格率100%，地产水产品检测合格率100%，地产猪肉“瘦肉精”检测合格率100%，全市通过认证的“三品”（无公害农产品，绿色食品和有机食品）企业100%建立生产记录档案和年检档案。自今年9月5日全市正式启动农产品质量安全专项整治和专项执法行动以来，全市农林系统精心组织，上下联动，农产品质量安全专项整治行动取得阶段性明显成效。主要表现在五个方面：
1、强化农业投入品的专项整治。自开展专项整治行动以来，全市农林行政执法机构共出动执法人员218人次，检查农业投入品生产、经营和使用单位141家次，整顿农业投入品市场16家次，查获违规农药918.4公斤，违规兽药20公斤，违规饲料80公斤；立案调查了“非法制售农药案”和“非法制售假兽药和疫苗案”两起大要案，涉案销售金额约87万元，目前两起案件已依法移交公安机关查处。同时为进一步规范农资经营者的经营行为，提高农资监管工作的效率，市农林局进一步创新工作举措，制定出台了《南京市农资监管“红黄绿”榜制度》，将农资生产、经营单位和个人按照经营信誉等级划分为红榜、黄榜和绿榜三类，一年内，未发生违法行为的为“绿榜”单位，一年内有一次轻微违法行为的为“黄榜”单位，一年内有一次重大违法行为或者两次以上轻微违法行为的为“红榜”单位。从农产品生产的源头，严把农业投入品生产、流通和使用三个关口。
例如，作为畜禽养殖业投入品的源头，饲料和饲料添加剂是监管的重点，我市从四方面入手开展整治，一是强化企业的法律意识和责任意识，向全市饲料企业印发了《国务院关于加强食品等产品安全监督管理的特别规定》共100份；二是严格行业准入条件，强制规范了药物添加剂、危险物品等使用制度和记录，严格执行特有工种人员持证上岗制度；三是加大饲料抽检力度，采取突击抽查的方式，共抽查了40家饲料、浓缩饲料生产企业，抽取蛋白原料样品60批次，基本覆盖了我市蛋白饲料加工使用的企业，未发现有添加“三聚氰胺”、“蛋白精”等非法添加物现象。
2、强化农产品产地环境的专项整治。自专项整治开展以来，我市已建立产地环境质量监测点17个，其中环境监测点8个，肥力监测点4个，茶果园地综合监测点2个，蔬菜地综合监测点3个，分别设在7个监测区的10种土壤类型上，代表面积81.45万亩，从而对全市农产品产地环境质量实行动态监管。
3、强化农产品生产环节的专项整治。一是加强对农产品生产记录档案的执法检查，迄今为止，已经对全市“三品”生产企业，100%建立了以生产档案建立、标准执行、包装和标识规范使用等为内容的年检电子管理档案，例如，为切实抓好我市水产品生产过程的监管，着重组织开展了水产养殖用药管理及养殖基地塘口记录制度落实情况的专项检查；二是加强畜产品产地检疫和屠宰检疫的监管，做到“两不一杜绝”，即：不给病死畜禽出证、不给产地不明的畜禽出证；杜绝不检疫就出证的现象；三是加强畜禽饲养环节的监管，建立健全畜禽规模饲养场及大户的档案管理，定期对防疫、兽药、饲料添加剂的使用及病死畜禽无害化处理等情况进行监督检查。开展专项整治以来，共出动执法人员220人次，检查单位97个，查处违章案件16起，完成了3批次生猪“瘦肉精”超标样品的溯源工作。
4、强化农产品质量安全例行监测。自开展专项整治以来，共抽检水产品样品53个，合格率100%；抽检蔬菜12.8万个菜样，合格率为98.8%；抽检畜产品348个，重点是瘦肉精残留情况，合格率为100%。此外，还对15家生产企业的40个无公害、绿色、有机类农产品进行了抽检，依据农业部相关标准，所检项目均未超标。
5、强化农产品批发市场实行市场准入制度情况的督查。在专项整治期间，市农林局还会同市工商、质监、新闻媒体、聘请的农产品质量安全义务监管员，对我市应天路水产品批发市场、农贸中心果品批发市场和白云亭蔬菜批发市场进行专项执法检查。通过整治，目前全市县级以上13个农产品批发市场已经100%纳入监管。
