中国畜禽养殖业养殖的特点是三大“一高一集中”，首先是我国畜牧业生产总值增幅较大，从2000年的1.8万亿增长到2013年的2.8万亿，十年时间增长了1万亿。第二，畜产品产量大。第三，养殖数量大。畜牧业产值占农业总产值的比例高达30%～35%。产业布局向优势地区集中。
畜牧产业自身存在三高的问题，高成本、高风险、高污染。
经过三十余年的发展，粪污和废弃物处理问题仍然是畜牧业的短板。在养殖的各个环节都会产生污染源。生产资料方面，如过期的库存饲料、饲料袋、药品包装；家禽养殖中的粪便、死淘的鸡只、废水、羽毛、废饲料等；家禽产品环节的蛋壳、产品包装等。
在发霉饲料、饲料浪费、污水、羽毛、死淘鸡和粪便等诸多废弃物中，处理难度最大的是后两者。通过对424家养殖场的调研发现，78.74%的养殖厂能够按照国家的要求将死淘鸡进行无害化处理，其中71.25%的养殖采用深埋的方式，26.5%的养殖场选择焚烧，2.25%选择化尸池。但仍然有21.26%的养殖场没有采取上述措施，将死淘鸡出售、喂狗或丢弃处理。通常，畜禽养殖粪便可以采取饲料化、能源化、肥料化等多元方式进行处理。但在调查中发现，中小型养殖场在清粪方式上选择人工的比较多，81%的养殖户出售给有机肥和水产饲料加工企业。近12%是自用，肥田、水产饲料或生产沼气。也有部分养殖户废弃不管。
养殖规模化水平的提高，加之养殖区域的集中，畜禽粪便处理的难度越来越大。主要是无害化处理水平低，资源化利用效率不高。虽然家禽粪便的产量与其他畜种相比不是最大的，但由于养殖周期的原因导致粪便量大、集中，而且家禽粪便的干物质有较高的利用价值，不论从生态环境、食品安全、企业经营还是饲养员身体健康的角度考虑，都应该加大畜禽粪便处理和利用的力度。
畜禽养殖业污染防治目标为可持续发展；方向为坚持生态健康养殖；路径为稳中提升，在四大安全（食品安全、生态安全、产业安全、生产安全）协调基础上推进产业生态化，末端驱动，在完善三链（主产品链、服务链和市场链）融合基础上推动生态产业化。核心在于推动适度规模经营，因地制宜，综合考虑资源约束、生态环境承载力，合理优化区域间、畜禽品种间的养殖规模。基础在于构建完备的法律法规体系；关键在于构建相互协调的产业体系；动力在于市场经济利益驱动；保障在于技术支撑。
