为提高动物卫生监管执法水平和动物防疫公共服务能力，促进畜牧业发展和农民增收，2006年以来，宁国市大力实施了较为全面、系统的兽医体制改革，逐步建立起科学、统一、透明、高效的兽医管理体制和运行机制，建立健全动物疫病防控的长效机制，稳定强化动物防疫体系，提高兽医管理机构依法行政能力和水平，促进动物卫生工作全面开展。
一是健全兽医行政管理机构。
将“宁国市畜牧兽医局”列为市农委二级副科级行政管理机构，其主要职责为贯彻执行动物卫生方面的法律法规、方针政策、规划和计划，研究制定本市行政区域内重大动物疫病防控计划，指导、监督、扑灭疫情，管理本地区动物防疫、检疫工作，负责兽医医政、药政和官方兽医及执业兽医管理、兽医实验室生物安全管理等工作。
二是健全兽医行政执法机构。组建“宁国市动物卫生监督所”，其主要职责为依法实施动物防疫监督、动物及动物产品检疫和兽药饲料生产经营监管等牧业行政执法工作。
三是健全兽医技术支持体系、稳定畜牧技术推广体系。按照“统筹规划、整合资源、明确职责、合理布局”原则，整合现有畜牧、兽医技术机构和资源，设置“宁国市动物疫病预防与控制中心”和“宁国市畜牧兽医技术推广中心”，实行“一套机构、两块牌子”。其主要职责为负责实施动物疫病监测、预警、预报、实验室诊断，承担动物流行病学调查、疫情报告编制并上报，提出重大动物疫病防控技术方案并组织实施，承担动物疫病预防技术指导、技术培训、科普宣传，承担动物产品安全相关技术检测工作。同时，还承担公益性技术推广职能，负责畜牧业重大技术的试验、示范和推广，参与畜禽饲养、草业、品种改良等地方标准和技术规范的制订并组织实施，提出畜牧业发展的重要技术措施，开展畜牧业职业技能鉴定。
四是完善片乡村三级防疫体系建设。按区域划片设置六个畜牧兽医站（动物卫生监督站），在各乡镇经济技术服务中心设动物防疫员岗位，配备专业人员19人，每个行政村配村级防疫员117名，为农民身份，由乡镇聘用，每人每年补助2400元。畜牧兽医站（动物卫生监督站）主要职责为负责宣传贯彻畜牧业法律法规和相关政策，开展畜禽养殖技术推广，实施区域内的动物及动物产品检疫，负责区域内的兽药、饲料、饲料添加剂、畜产品质量安全监督管理和动物疫情测报，协助区域内各乡镇的动物防疫、畜牧生产统计工作。动物防疫员主要职责为开展动物防疫法律法规的宣传，组织辖区内动物防疫工作的实施和防疫检查，负责辖区内动物疫情监测报告、村级动物防疫员的管理、畜牧生产统计工作。村级防疫员主要职责为实施动物免疫注射，发放免疫证明，填写免疫登记表，对猪、牛、羊加挂耳标，负责动物疫情观察报告，协助进行产地检疫和病死畜禽无害化处理，承担普查、消毒、扑灭重大动物疫情等工作任务。
五是建立公共财政保障机制和动物防疫应急储备制度。将兽医行政管理、动物卫生监督、动物疫病预防控制和畜牧兽医技术推广机构所需经费纳入财政全额预算管理，保证其人员经费和日常运转费用。其依法收取的行政事业性收费一律上缴财政，实行“收支两条线”管理。对经费使用情况要加强监督管理，确保专款专用。
同时，建立起市乡两级应急防疫物资储备库，对应急设施、设备、疫苗、药品、防护用品、交通、通讯工具等有关物资进行储备，所需经费列入市级财政预算。市财政设立了应急防疫储备金。
