为规范被管控农产品的过境运输，俄罗斯农产品监督署采取了凡经过俄罗斯境内转运至第三国的被管控农产品都将从俄方制定的边检站通过。
哈萨克斯坦国家企业家联合会认为俄罗斯对未经俄方检验检疫的出口商品采取限制过境运输制度违背了欧亚经济联盟实现商品、服务、资本和劳动力自由流动的主要原则。俄罗斯对欧美农产品实施进口禁令不应该涉及到关税同盟成员国，这将会给成员国之间的贸易格局带来破坏性影响。
哈国家企业家联合会指出，根据欧亚经济联盟和关税同盟之间关于植物检验检疫协议，只有被列入管控清单的货物通过关税同盟边境检查站时才进行动植物检验检疫，而对关税同盟成员国之间出入境的货物无需检查。此次俄罗斯在成员国之间还要进行检查是完全没有必要的。当然，卫生及动植物检验检疫是人民健康生活的基本保障，即使是在无疫区内。