我国养殖区域比较广，各地区生产水平差异又很大，决定了我国在未来很长时间内各种生产模式并存。不同的生产模式、区域化市场需求对水禽育种提出了挑战。高抗病力在小规模、自然条件养殖为主的地区有重要价值，而在完全密闭式环境控制养殖场就没有那么高的要求。以肉鸭养殖为例，目前有高度集约化饲养的模式，类似于肉鸡养殖，全程网上高密度、完全环境控制的养殖模式，也有大棚生产，没有任何环境控制措施的模式。单个养殖场的养殖规模从几百只到十万只，对肉鸭品种有不同的选择。高密度、完全环境控制鸭舍主要强调肉鸭的生产性能，对抗病力需求就相对差一些，而大棚的生产方式完全依赖于自然条件，只有遮阴棚，对肉鸭的抗病力要求要高很多。
我国育种的另外一个特点是区域化育种，就是各个地区对质量性状的要求超过对蛋白质本身的需求，消费者首先选择外观。肉鸭与蛋鸭的育种工作有些类似肉鸡与蛋鸡育种发展历程。
肉鸭育种现在经历白羽、麻羽等不同类型羽色的变化阶段。目前麻羽肉鸭的市场售价是白羽肉鸭的2～3倍。市场对肉鸭选择基本停留在表型上，这个过程非常类似我国黄羽肉鸡市场的发展过程。肉鸭育种工作在区域化育种中如何避免简单的质量性状育种是未来肉鸭育种的一个重要挑战。因此，借鉴黄羽肉鸡育种经验对适应不同地区的肉鸭市场需求有重要价值。这个过程与我国活禽市场发展密切相关。如果家禽交易以活禽市场为主，那么可以预见，未来仍然是质量性状为主的前提下，开展生产性能的提升。如果活禽市场萎缩或者基本消失，水禽育种将以改良生产性能为主。目前阶段，可能活禽市场还有一定空间，在部分水禽消费大区还是以活禽交易为主。水禽育种公司需要具备能随市场需求随时调整育种方向的能力，这就要求育种公司需具备人才储备、资源储备以及一定的资金实力。
我国水禽产业以及水禽育种处于高速发展的起始阶段，市场竞争还没有蛋鸡、肉鸡等行业那么激烈，目前是水禽育种业发展的黄金时期。
