随着城乡居民对畜产品消费需求的不断增长，畜牧业得到快速发展，特别是近年来各地相继出台畜禽养殖小区建设的优惠政策，使养殖数量不断增长，养殖规模持续扩大，畜禽养殖及活体加工过程中产生的大量排泄物和废弃物，对环境的污染愈来愈突出。据调查，我国每年畜禽养殖业COD（化学需氧量）排放量达到1268.3万吨，占农业总污染的95.78%，是工业污染的2倍；总氮排放量为102.48万吨，总磷排放量为16.04万吨。
目前我国大多数养殖场对其排放的粪便污水没有进行任何处理而直接排放。畜禽对蛋白质饲料的利用率只有30%~50%，对谷物饲料中的植酸磷利用率也偏低，未利用的氮磷随畜禽粪便排出体外，其中大部分被氧化为硝酸盐和磷酸盐并流入农田之中，长期蓄积造成土壤氮磷含量过高，使土地失去生产价值。
畜禽养殖业未经处理的废水中氮磷含量很高，这种废水一旦排入河流和池塘中，将会造成对氮磷敏感的水生生物逐渐死亡，并导致水体富营养化；如果废水深入地下水中，会使地下水溶解氧含量减少，有毒成份增多，当超出水体自净能力时，便会造成永久性污染，并难以恢复。
养殖场对空气的污染包括恶臭、尘埃与微生物。恶臭除畜禽的皮肤分泌物、粘附于皮肤的污物、外激素、呼出气等产生的特有难闻气味外，还有来自粪污在堆放过程中有机物的腐败分解产物，包括甲烷、有机酸、氨、硫化氢、醇类等200多种恶臭物质。恶臭的大部分成份对人和动物有刺激性和毒性。吸入某些高浓度恶臭气体可引起急性中毒，长期吸入低浓度恶臭气体，会导致慢性中毒，改变神经内分泌功能，降低代谢和免疫功能，使生产力下降，发病率、死亡率升高。
新建、改建、扩建畜禽养殖场（小区），应当符合畜牧业发展规划、畜禽养殖污染防治规划，满足动物防疫条件，并进行环境影响评估。畜禽养殖污染防治规划应当与畜牧业发展规划相衔接，统筹考虑畜禽养殖生产布局，明确污染治理设施建设，以及废弃物综合利用等污染防治措施。
严格贯彻执行《畜禽规模养殖污染防治条例》，有法可依，有法必依，执法必严，对达标排放的养殖场给予适当奖励，对未按规定对养殖废弃物进行无害化处理的，由动物卫生监督机构责令无害化处理，所需处理费用由违法行为人承担，并可以处一定数额的罚款。
科学配制饲料。根据有关研究技术表明，应用饲料膨化技术、添加复合酶制剂、使用活性酵母等，能帮助畜禽维持肠道菌群的平衡，可以提高饲料消化利用率，降低氮的排量。通过降低饲料中粗蛋白的含量，添加合成氨基酸，既不影响畜禽的生产性能和生长发育，又能有效提高饲料利用率，显著降低畜禽排泄物中氮和磷的含量。
开发与应用畜用防臭剂。利用植物提取物、偏硅酸盐矿石、绿矾等来吸附、抑制、分解、转化排泄物中的有毒有害成份，将氨变成硝酸盐，将硫化氢变成硫酸，作为工业原料，从而减轻或消除环境污染。
利用粪便制造有机肥。畜禽粪便经过合理方式堆制处理后，可使物料完全腐熟，同时杀害其中有害物，制作出高效生物活性有机肥，具有很好的市场前景。
利用畜禽粪便变为燃料。沼气工程在我国已有多年历史，将畜禽粪便通过机械刮粪装置输送到沼气池，制取沼气，生产可再生清洁能源，是科学环保的途径之一。
畜牧业是现代农业的主导产业，在农业增效，农民增收，改善国民生活水平等方面具有重要作用，畜牧业环境污染问题逐步成为制约其发展的瓶颈。生态养殖，绿色发展，循环经济的模式，是推动畜牧业持续发展的必然之路。
