随着人们生活水平不断提高，畜禽产品的需求量也逐年增加。畜禽养殖业发展在保障城乡畜禽产品供应、促进农民增收、活跃农村经济方面发挥了重要作用。
然而，随之而来的污染物排放量也大幅增加。根据环境保护部2013年度主要污染物总量减排核查核算结果，全国2013年畜禽养殖业的化学需氧量、氨氮排放量分别达到1071.94万吨和60.48万吨，占全国排放总量的比例分别为45.56％和24.62％，畜禽养殖已经成为环境污染特别是水环境污染的重要来源。
2012年11月14日，环境保护部和农业部联合制定发布了《全国畜禽养殖污染防治“十二五”规划》（以下简称《规划》）。2013年11月11日，国务院公布了《畜禽规模养殖污染防治条例》（以下简称《条例》），自2014年1月1日起施行。这些法律及规划的发布和实施，必将对畜禽养殖业健康、可持续发展起到积极的作用。
然而，尽管已有法律和政策框架保障，但做好畜禽养殖业污染防治工作仍然困难重重。
一是各部门协作治理的工作机制尚未形成。虽然《条例》已经对各部门职能职责进行了明确，但由于尚未明确考核的方式和手段，对相关部门难以起到有效的激励、约束作用，造成部分地区畜禽养殖污染治理的责任仍然全部或大部分落到环保部门头上，出现环保部门唱独角戏的局面。
例如，《规划》中设定的目标是，到2015年，全国畜禽养殖污染状况基本摸清。这个目标的实现必须依靠农牧部门的支持和配合。然而截至目前，仍有大部分省份的畜禽养殖污染状况不清楚，现场检查中也经常出现养殖场实际养殖数量与农牧部门提供数据存在较大差距的情况。
二是已建成污染治理设施运行保障措施匮乏。近年来，国家通过实施中央环保专项资金项目、中央农村环保专项资金项目等多项政策措施，有效促进了畜禽养殖污染治理设施建设。然而，有效的运行保障措施却明显匮乏，很多已经建成的治理设施无法长期维持正常运行甚至不运行。
比如大部分未进入种养结合产业链的中小型有机肥厂长期亏损，无法正常运转。笔者在工作中发现，虽然对有机肥的生产、销售和使用执行了免增值税及其他的补贴政策，但是由于有机肥的价格明显高于化肥的价格，且使用起来比化肥费力、肥效慢，种植户更倾向于选择化肥。
再比如，北方地区的沼气综合利用工程由于管理不规范、气量不稳定、设施保温困难、存在安全隐患等问题，直接放空沼气或直接燃烧现象普遍存在，冬季基本处于停运状态。
三是政策制定过程中未充分考虑地区差异。我国幅员辽阔，各地在自然气候条件、经济发展状况、养殖规模等方面都有较大的差别。然而目前的政策制定、任务布置和资金支持上基本属于“一刀切”，未充分考虑地区差异，导致各地在开展畜禽养殖污染治理工作过程中感受到的考核压力、财政负担均有不同，同样的付出产生的污染治理效果也完全不同。
例如对比黑龙江省和浙江省。黑龙江省冬季严寒且冰封期较长，地势较为平坦且耕地面积大。经济发展相对滞后，2013年全省财政收入为1277.4亿元。畜禽养殖规模大污染物排放量多，2013年排放化学需氧量103.51万吨。而地处江南地区的浙江省则温暖潮湿，地势以山地和丘陵为主，水网纵横，耕地面积小。经济发展较快，2013年全省财政收入为3796.92亿元，为黑龙江省的3倍。畜禽养殖规模小，污染物排放量少，2013年排放化学需氧量17.39万吨，不到黑龙江省排放量的1/5。虽然两省在各方面均有较大的差异，但国家在对两省畜禽养殖场污染治理设施建成比例和污染物排放总量削减比例设定、污染治理工艺推荐，以及资金补助上却未体现出明显区别。
四是监管和执法能力严重不足。一直以来，环保部门主要将工作精力放在对城市工业企业监管上，对规模化养殖的企业管理机制刚刚理顺。面对数量大、分布广的畜禽养殖户，环保部门在执法监管过程中面临执法人员不足、畜禽养殖底数不清、监管和执法设备匮乏、交通条件不便利、对养殖户无约束性措施等实际困难。
以黑龙江省富裕县为例，辖区面积为4026平方公里，2013年环境统计数据显示，此县有规模化畜禽养殖场83个，养殖专业户230多户，分别处于10个不同的乡镇。而富裕县环保局局机关加环境监察大队人员共12人，且以工业企业管理为主，针对畜禽养殖管理的人员只有1人且兼管其他工作，对畜禽养殖场监管和执法难度非常大，管理效果不佳。
此外，畜禽养殖户普遍环境意识淡薄，养殖技术落后。虽然大部分地区规模化养殖比例已经达到或超过50%，但其中大部分规模化养殖场和其他养殖专业户的养殖技术水平及管理水平仍比较落后。此外，很多畜禽养殖场和养殖户环境意识淡薄、污染治理意愿较低，这也在很大程度上制约了畜禽养殖污染的有效治理。
针对畜禽养殖污染面临的现实问题，笔者认为，必须进一步完善顶层设计，按照地区差异性进行政策调整，创新监管执法机制。唯有如此，才能真正解决畜禽养殖污染问题，促进畜禽养殖业健康发展。
首先，建立各部门协作治理机制。各级政府部门应在《条例》中提出的责任分工框架下，进一步落实责任，建立健全各部门协作治理机制。
农牧部门作为畜禽养殖的主管部门，理应在畜禽养殖污染治理中作为责任主体，积极同环保部门进行协作，发挥其管理和技术的优势，在畜禽养殖产业发展过程中做到产业发展和污染治理并重。而环境保护部门应担负起对畜禽养殖污染防治工作的统一监督管理责任，协调各级政府和循环经济综合管理部门、财政、税务及其他各相关部门，共同制定和完善配套的环境经济政策，健全畜禽养殖污染治理工作考核机制，加强监督管理。
其次，建立畜禽养殖污染治理长效机制。各级政府需在推进污染治理设施建设的同时，建立和完善畜禽养殖污染治理的长效机制，保障污染治理设施正常运转，确保污染得到有效治理。
比如可建立农牧和环保部门联合对规模化畜禽养殖行业开展环保核查的机制，减少或取消对污染治理设施不完善或未稳定运行养殖场的养殖补贴支持，加大对污染治理设施完善、稳定运行养殖场的补贴力度，提高养殖场认真运行污染治理设施的积极性。
再比如，在对有机肥进行免税和补贴的同时，可加强对有机肥施肥产品的认证管理，有序推进有机农产品的推广，提高公众对有机食品的认知度，调动农民种植有机食品的积极性。组织开发相关技术，提高有机肥施肥的便利性，促进增加有机肥的利用量，保证有机肥厂的正常运行。加大对正在建立和已建立有机产品及饲料种植、育雏、养殖、肉产品销售、肥料生产产业链的大型和特大型规模化畜禽养殖企业的培育和政策支持力度，以规模效应摊薄污染治理成本。同时，通过产业链内部环节消纳污染物，化废物为资源。
第三，深入调研，因地制宜开展畜禽养殖污染治理。深入的调研工作是科学制定相关政策的基础，各地区地域特点、经济发展状况、畜禽养殖规模都有显著的区别，国家应组织各地对本地区进行深入的摸底调查，在和地方进行充分沟通的基础上，科学设定污染治理任务目标，推荐适合当地的工艺，结合地域特点制定更加明确、细化的引导性政策。
例如黑龙江省和浙江省，黑龙江省可采用集中收集、储存，科学还田利用的畜禽粪尿治理工艺。而浙江省可采用将畜禽粪便加工生产成有机肥或者发酵生产沼气，对污水进行深度处理达标排放的处理方式。
第四，创新监管执法方式方法。由于畜禽养殖行业和其他工业企业有着巨大的差别，如何有效地进行日常监管和执法，必须集思广益，进行机制上的创新。要推动乡镇环保所的建立，增加环保工作人员编制数量，增强对畜禽养殖行业的监管和执法能力；开展畜禽养殖环境状况基础信息调查，建立畜禽养殖业环境信息数据库，夯实监督执法基础。
例如辽宁省在全国率先开展了畜禽养殖业环境状况调查工作，依托调查工作建立畜禽养殖行业及废弃物处置情况备案制度，并建设了全省畜禽养殖业环境状况电子地理信息系统。同时，整合在线监控系统、视频监控系统、日常监察和监测数据，并借助移动执法系统等手段，全方位强化对畜禽养殖企业的执法监管。此外，还建立了农牧部门和环保部门联合执法机制，对规模化畜禽养殖场开展环保核查，并将核查结果与政策性补贴相挂钩，提高违法成本，增强执法威慑力。
