（一）微生态制剂存在的问题
从目前的研究报道看，益生菌在水产养殖中的应用前景非常广阔。它通过分泌抑制性物质、竞争营养物质、竞争宿主的着附点或通过竞争排斥的原理，抑制有害细菌的生长繁殖，达到控制鱼病的目的。但我们对益生菌的作用机理方式还不十分清楚，尤其是菌株体外抑菌物质的产生或是竞争营养与其体内益生菌效果的关系。此外，有的益生菌还具有促进鱼类食欲、生长和增重的作用。益生菌在水生动物体内与其他菌群的相互作用仍然需要阐明，益生菌的免疫刺激效果也值得进一步研究。目前有许多细菌应用于水产养殖中，但是这些菌株的筛选多时依靠经验观察而没有科学的数据。因此，在水产养殖业，单一或混合益生菌完全有可能取代目前所用的抗生素、化学促生素，成为21 世纪人们所接受的绿色微生物制剂之一。但要真正把益生菌这种潜能变成现实，仍需要大量的研究投入。
①已经确认的微生态制剂的菌种尚少，需要开发新菌种和复合菌剂产品。有益菌的合理搭配、优化组合是制造复合菌剂产品的关键所在。由于微生物种间具有复杂的协同和拮抗作用，如何制备效果良好的产品制剂还需深入细致的研究以及广泛地实践检验。
②对作用机理的研究进展缓慢，应继续加强这方面的研究，以指导微生态制剂的研制、生产和使用。
③微生态制剂和潜在的病原菌如何区分。当处于胁迫环境下幼体体质弱时，是否对鱼虾贝类间接有害，假如其本身是无害的，那它是否有可能通过摄取有害病菌的致病基因，而转变成有害菌，进而更严重地危害渔业。鉴于自然界中许多细菌都具有天然的转化能力，这种情况是可能的。在用一些与致病菌亲缘关系相当紧密的菌株作为益生菌生长的场所[25] 这种可能性更不容忽视。Wang 等[58] 曾报道在养殖的草虾（Penaeus monodon） 中发现一种新的细菌性白斑病（ B W S S ），怀疑是由使用大量含有枯草杆菌（Bacillus subtilis ） 的有益菌产品引发致病。另外，大量使用有益菌也应考虑菌种的变异和微生物的生态入侵所带来的相关问题。
④加强对微生态制剂剂型的研究，提高活菌的浓度，提高菌剂中活菌对不良环境的耐受力，延长产品保存期，使用真空冷冻干燥技术和微胶囊技术。不同的制剂方式可能会影响到益生菌的存活率、代谢活力， 尤其是分泌抑制性物质的能力。代谢不旺的益生菌自然不可能在宿主体内与致病菌竞争营养物质和（ 或着附点），更谈不上分泌物质以抑制对方。
⑤加强大规模生产条件下的生产工艺流程、多种菌的生产、保藏及确保其质量方面进行深入地研究。有些菌种，如硝化细菌，菌落细小、生长速度缓慢，给实验室中的分离工作以及实际生产中的大量培养造成了困难。
⑥有益菌在养殖动物体内或在养殖水体中的生存和生物膜稳定性是应用环节中的技术关键。实践证明，将有益菌投放到养殖池或水处理池中，由于生长条件的改变，细菌的生存、生长和稳定性常常难以控制。
⑦加快微生态制剂的适用对象和范围的研究， 为科学、有针对性地应用某一微生态制剂奠定基础。微生态制剂具有广谱促生长保护作用，有的能在单种宿主的消化道根殖， 有的则能根殖多种宿主，有的能分泌专门针对某一病菌的抑制物， 有的则能产生广谱性的拮抗物质。
⑧建立完善的行业检测标准，制定有关法律法规的实施细则，使生产和宣传规范化。
（二）微生态制剂发展的趋势
周德庆[59] 指出，作为理想的微生态制剂标准有8项条件，即①一至几种高质量的有效菌种（株）；②活菌含量高，至少应达10^8cfu/g ;③保质期较长，在此期限内不应低于原初1/2的活菌剂；④具有良好的微生态调节或（ 和） 其他保健功能；⑤制剂具有较强的抗胃酸和抗胆汁酸功能；⑥尽可能添加双歧因子类可促进外源性和内源性有益菌增殖的物质；⑦稳定，安全，可靠；⑧质优价廉。
1. 向筛选适用于特定日粮类型及特定动物的菌株的研究方向发展
一种菌株不可能适用于所有的动物或所有的日粮，菌种单一也不能满足多种养殖对象和养殖环境的要求，应利用多菌株多功能的微生态制剂来适应水产养殖的需求。研究针对某种动物、某个阶段、某些疾病的专用微生态制剂，使其作用更专一、效果更显着。因此应确定水产动物机体内缺少的菌种，添加针对性强的制剂，在高效专一方面有所研究。
2. 加快微生态菌种的耐药机制的研究
研究表明，耐药菌因子不仅可将耐药性转移到同种细胞中，还能转移到不同种、不同属的细胞中。所以，必须对耐药微生态菌种的耐药机制进行系统的研究。对其潜在的危害给予足够的认识，以便为其使用的安全性提供依据。
3. 加速包被技术的研究方向
寻找高效、廉价、无毒副作用的包被材料，优化包被工艺，用以包裹耐性较差，但其它特性较好的菌株。
4. 向工程菌领域发展
运用基因工程技术构建更易于生产、保存、定植、繁殖或具有特殊功能的工程菌制剂，如能运用基因工程技术研究通过对一些优良菌种的遗传改造，导入有用基因如必需氨基酸合成酶基因、疫苗基因等，则其应用前景将更加广阔[60]。
5. 向大规模生产条件下生产工艺流程方面的研究领域发展
加快大规模生产条件下生产工艺流程方面的研究，并在统一产品质量标准，规范行业管理方面多做工作。在我国，有益菌的开发与应用起步较晚。但由于养殖动物疾病的繁生，抗生素滥用导致的细菌抗药性增加以及药物残留等问题日趋严重，促使我们必须加快有益菌的研究和开发步伐。随着政府在这方面科技投入的加大，随着微囊工艺、缓释技术和基因工程等新技术在微生态制剂生产中的应用，有益菌在未来几年里将会得到更深入的研究并取得应用技术的重大突破，使其成为解决养殖动物疾病的一个重要手段之一，在水产养殖中的应用前景也将会更加广阔。
