9月24日至28日，省农业厅组织6个检查组，赴湖州、嘉兴、绍兴、金华、舟山、台州等市、县开展"三品"专项检查。
这次专项检查是根据农产品质量安全整治和农业部"三品"检查的统一部署进行的。专项检查采取实地检查、查阅资料、座谈咨询等方式，对18家无公害企业、12家绿色食品企业、5家有机农产品企业、12家销售市场及6家市级绿色食品办公室的认证管理和档案管理等情况进行检查。各市的自查和这次专项检查结果表明，全省各市、县农业主管部门、"三品"工作机构和获证单位高度重视此次"三品"专项检查工作，"三品"认证管理是有效的，生产经营是规范的，产品质量是安全的，包装标识是合法的，成效是明显的。
省农业厅下发《关于开展无公害农产品、绿色食品、有机农产品专项检查的通知》以后，全省各市、县农业主管部门、"三品"工作机构和获证单位迅速行动起来，积极开展"三品"专项检查行动。各市成立了以局长或分管局长为组长的专项检查工作组，通过召开会议、制定检查计划、落实工作任务等，全面开展自查和督查工作。嘉兴市组织4个专业检查组赴7个县(市、区)抽查21家获证单位，湖州市对96家"三品"单位、103个产品进行了全面检查，长兴县在进行专项检查的同时，还向"三品"获证单位发放统一印制的生产记录本1500份，绍兴市完成90个产品的检查。
从检查"三品"认证管理的有效性来看，市级工作机构都能按照部、省有关无公害农产品、绿色食品、有机农产品认证管理文件的规定，开展申报认证、复查换证和续展认证工作。台州市、绍兴市还结合本地实际，制订了绿色食品认证程序等内部管理制度，进一步规范认证工作。在实际工作中，各地围绕"三品"技术标准和管理要求，指导和服务企业开展认证申报，加强认证过程中材料受理、材料报送、文件审核以及现场检查等工作，确保认证管理的有效性。建立健全申报材料和年检资料等文件档案制度，做到随时有据可查。
从检查"三品"生产经营的规范性来看，获证单位按照"环境有监测，操作有规程，生产有记录"的要求，基本建立了生产操作规程和质量控制措施，并按照生产操作规程进行生产，产地生产环境控制和保护较好，符合"三品"环境要求。大多数获证单位建立了生产档案、产品出入库记录、销售记录等，能够有效地对生产过程进行控制。如绍兴御茶村茶业有限公司健全完善生产管理档案制度和质量可追溯制度，绘制了基地分布图和地块分布图，并进行统一编号，生产记录规范、全面、真实，包括地块编号、作物品种、种植面积、责任人姓名以及施肥情况、病虫害防治情况、收获记录等一应俱全。仙居种鸡场保存了全部的仙居鸡生产户的生产记录，档案查找十分方便。各级农业主管部门和"三品"工作机构通过日常检查督查、无公害农产品复查换证、绿色食品企业年检和续展及有机农产品保持认证等措施，切实加强对"三品"生产经营的全程监督控制，确保生产经营的规范性。
从检查"三品"质量的安全性来看，获证单位狠抓饲料添加剂、化肥农药等农业投入品的使用按生产操作规程进行，没有发现禁用农药、兽药和添加剂，并通过产品抽检、企业年检和企业自检，确保产品质量安全。如天台县蔬菜经济作物服务公司制订了高山蔬菜生产技术规程，创新了生产模式图，实行产地自检、农业部门抽检、工商部门市场检测等措施，加强质量安全监管，确保高山蔬菜农残不超标。同时，加强"三品"质量安全预警制度建设，台州市专门制定了《台州市无公害农产品、绿色食品质量安全突发事件应急预案》。
从检查"三品"包装标识的合法性来看，获证单位以落实《农产品质量安全法》和《农产品包装和标识管理办法》为契机，重视和加强包装标识管理，"三品"的认证证书均有效。如羊岩茶场的绿色食品茶叶、临海市桃渚柑桔合作社的临海蜜桔、浙江省仙居种鸡场无公害加工白条鸡、土鸡蛋做到了包装标识上市销售，畅销市场。在对获证单位和市场的检查过程中没有发现伪造冒用"三品"标志的行为。
在检查中也发现了少数企业还存在一些不够规范的问题：一是部分农产品用标率较低，少数绿色、有机食品企业使用标识不规范；二是部分获证单位生产记录不完善、不规范；三是少数被检单位农业投入品使用不尽规范。检查组均提出了明确的整改要求和措施。
