一是建畜粪池。将每天清除的畜禽粪便直接堆积在畜粪池，加盖进行堆肥发酵处理。这种方法主要是通过高温发酵杀菌消毒，达到无害化处理目的。
二是建沼气池。将粪便在一定的温度、湿度、酸碱度的条件下，通过微生物发酵，产生气体。产生的沼气是一种很好的能源。近年来，国家一直都有农村沼气工程项目补贴，养殖户只要拿出一部分钱就能解决这个问题。
三是建沉淀池。这种方法目前在我县离射阳河流域较近镇区规模户中试行。它是将畜禽粪污经过三个沉淀后再排放出去，效果较好。另外，也鼓励大型规模户将畜禽粪污制成有机肥。政府也将把县里生物有机肥场的建设列入计划之中。通过多渠道的努力，我县畜禽粪便污染现象将会得到有效控制。