全进全出是猪场饲料管理、控制疾病的核心。要切断猪场的疾病的循环，必须实行全进全出。因为在猪舍内有猪的情况下，始终难以彻底清洁、冲洗和消毒。目前还没有任何一种消毒剂可以完全杀灭粪便和排泄中的病原体，因为穿透能力较低，所在以消毒前最好使用高压水枪将粪便和其它的排泄物彻底冲洗干净。猪舍内有猪则不能彻底冲洗，因此消毒效果不能保证。
即使当时消毒非常好，但由于病猪或带毒猪可以通过呼吸道、消化道、泌尿生殖道不断向环境中排放病源、污染猪舍、猪栏。下一批进入猪舍后，就可能被这些病原体感染。有些猪场虽然在设计的时候是按照全进全出设计的，但由于生产方面存在问题，如生长缓慢或有些猪发病，可能在原来的猪舍断续饲养，而病猪或生长缓慢的猪带毒量更高，毒力更强，所以更危险。
正确的做法是，应该保证猪舍内所有猪出栏后彻底清洗、消毒空舍14天至少7天以上，这样才能保证消毒效果。
全进全出有利于疾病的控制，如支原体肺炎。有一个试验可以看出，由感染母猪生的猪，在28日龄断奶后将与仔猪隔离，与连续饲养方式相比，支原体肺炎的发病率降低，而且提前2周以上上市。
全进全出猪场可以通过隔离将发病率降低，隔离越远，屠宰时病变程度越低。经验表明，全进全出系统饲养的猪达108公斤可降低生产成本24元/头，即每公斤节省生产成本0.22元。
