所谓处方药（prescriptiondrug,简称R,即医生处方左上角常见到的R）是指按照执业兽医出具的处方，从兽药店购药并且在执业兽医监控或指导下使用的药物。水产用兽药是根据药品安全有效、使用方便的原则，依其品种、规格、适应症、剂量及给药途径不同，对其分别按处方药和非处方药（overthecoun-terdrug,简称为OTC）进行管理。包括建立相应法规、管理制度并实施监督管理。农业部药品监督管理部门将药理作用大、容易产生不良反应的水产用兽药限定为处方药。处方药是治疗水产养殖动植物病害的主要药物，需要在执业兽医的指导下，凭执业医师开具的处方，并在执业兽医的监护下购买使用。非处方药是方便水产养殖业者保全养殖环境，通过消毒池水、有效地缓解轻微病症的水产用兽药，不需要凭执业兽医开具的处方，可根据自己的判断、购买和使用。对水产用兽药实行分类管理，有利于保障用药安全有效，有利于水产养殖业健康发展，有利于逐步与国际上通行的水产用兽药管理模式接轨。
根据农业部公布第一批兽医处方药目录，涉及到的水产用兽药品种有：硫酸新霉素粉（水产用）、盐酸多西环素粉（水产用）、氟苯尼考粉（水产用）、甲砜霉素粉（水产用）、复方磺胺嘧啶粉（水产用）、磺胺间甲氧嘧啶钠粉（水产用）、复方磺胺二甲嘧啶粉（水产用）、复方磺胺甲恶唑粉（水产用）、恩诺沙星粉（水产用）、诺氟沙星粉（水产用）、诺氟沙星盐酸小檗碱预混剂（水产用）、乳酸诺氟沙星可溶性粉（水产用）、烟酸诺氟沙星预混剂（水产用）、恶喹酸散、恶喹酸混悬液、恶喹酸溶液、氟甲喹粉、甲苯咪唑溶液（水产用）、精制敌百虫粉（水产用）、辛硫磷溶液（水产用）、氯氰菊酯溶液（水产用）、溴氰菊酯溶液（水产用）。注射用促黄体释放激素A2、注射用促黄体释放激素A3、注射用复方鲑鱼促性腺激素释放激素类似物、注射用复方绒促性素A型、注射用复方绒促性素B型。
本次公布的处方药目录中涉及到水产用兽药一共是27种，其中抗菌药物17种、杀虫药物5种、用于人工繁殖催产亲鱼的激素5种。
本次公布的处方药物中包括了全部的抗菌药物和大部分杀虫药物。这就是因为要做到对这些水产用兽药的科学使用，需要具有专业知识的执业兽医参与，用这些水产用兽药治疗水产养殖动植物疾病时，需要执业兽医根据疾病和环境的具体情况，开具适宜的处方，保证所使用的水产用兽药既能有效地治疗水产养殖动植物疾病、又不污染水体和水产养殖动植物机体的目的。
众所周知，由于不规范地使用抗菌素等水产用兽药，曾经引起水产品中出现过氯霉素、环丙沙星、孔雀石氯和硝基呋喃等药物残留问题，使我国的养殖水产品的质量安全问题受到了社会舆论的广泛关注，并且直接导致国内、外水产品消费者对我国水产品的质量安全产生了疑虑。在上海等地销售的大菱鲆由于被检测到体内有多种药物的残留，引起我国许多地方对大菱鲆采取了"封杀"的措施，其结果不仅直接导致了大菱鲆主养地区一度出现大量养成水产品的滞销，养殖业者的经济利益也受到了严重的损失。
鳗鲡养殖和加工是20世纪90年代以来，在我国沿海地区如广东、福建等地区发展起来的具有高附加值的"三高"农业产业。我国的鳗鲡及其制品主要出口日本，在1995~2000年间，日本市场多次退回并销毁抗生素超标的鳗鲡及其制品，给我国造成了巨大的经济损失，极大地损害了我国水产品在世界贸易中的形象。从1996年起，欧盟禁止我国水产品进入欧盟市场，使我国水产养殖业失去了巨大的市场。在2002年1月31日，由于我国动物性产品中药物残留（如氯霉素等）问题，欧盟食物链与消费品管理委员会通过决议，自2月1日起全面暂停从我国进口动物性产品。目前，水产品的质量安全问题已经超越了水产养殖行业内人员关注的范畴，成为了涉及食品卫生与公共安全的热点问题。
养殖业者自行决定某些杀虫药物的使用时，很容易导致药物的安全性问题，导致整池鱼虾死亡事故，一次用药事故给养殖业者造成的损失往往就可能达到几十万元甚至上百万元的事故也时有发生。
综上所述，对我国的水产用兽药实行分类管理的目的，就是提高水产用兽药的科学使用水平，确保药物疗效和安全性，减少和避免水产用兽药对水环境和水产品的污染，向国内外消费者提供质量安全的水产品。
