加强畜牧业重大战略问题研究，是谋划现代畜牧业发展路径的重要措施。2013年，畜牧业司紧紧围绕现代畜牧业发展的关键环节，依托农业部农村经济研究中心、中国农科院农业环境与可持续发展研究所、农业经济与发展研究所和产业技术体系等单位和专家，组织开展了现代畜牧业评价指标体系、畜禽良种繁育体系扶持政策实施效果评价和畜禽养殖废弃物处理模式应用效果评价等课题研究。
目前，3个课题都已取得阶段性成果。现代畜牧业评价指标体系课题在深入研究现代畜牧业的内涵和特征的基础上，提出了支持保护水平、物质装备水平、科技发展水平、经营管理水平和安全可持续水平5个一级指标和规模养殖比重等17个二级指标。畜禽良种繁育体系扶持政策实施效果评价课题通过对现有扶持政策实施情况和实际效果的分析评价，有针对性的提出了优化投资结构、提升政策实施效果的意见建议。畜禽养殖废弃物处理模式应用效果评价课题结合我国畜牧业发展现状和畜禽粪污处理利用技术现状和持续运行的可能性，立足不同区域提出了“三改两分”再利用模式、沼渣沼液农业利用养分平衡技术模式、粪便集中处理中心模式等先进适用技术模式。
下一步，畜牧业司将组织开展对已完成战略研究的论证，推进战略研究成果的充分运用，同时根据畜牧业发展实际组织开展进一步的深入研究，为健全完善畜牧业支持保护体系提供强有力支撑。
