《条例》是我国农业环境保护领域第一部国家级的法规，《条例》的颁布实施是我国农村环保领域法制建设和生态文明制度建设的一件大事，是我国农村环保事业的里程碑。《条例》将推动畜禽养殖业优化升级、保障畜禽养殖业可持续发展作为解决畜禽养殖环境问题的基本方针，将推动畜禽粪便等废弃物综合利用作为解决畜禽养殖污染问题的根本出路，将加强监管作为推动畜禽粪便等废弃物得到合理处理和利用的重要手段，将实施激励鼓励措施作为推动废弃物综合利用水平不断提高的根本保障，采取预防为主、防治结合、统筹规划、合理布局、综合利用、激励引导的基本思路，力求从畜禽养殖业的规划布局、场（小区）选址、污染防治和综合利用设施建设、经营管理等环节，对畜禽养殖污染进行全方位、全过程的控制，在提高环保要求的同时兼顾养殖者的利益，做到以环境保护制度优化和推动产业的转型升级，实现环保与产业发展的双赢。
为切实提高畜禽粪便的还田利用率，通过资源化的手段做到既减少污染又能增加我国土地的有机质含量，实现种养结合、平衡发展，《条例》提出了一系列经济措施，特别是规定了购买使用有机肥产品的享受不低于国家关于化肥的使用补贴等优惠政策，将有利于从根本上解决我国长期以来存在的有机肥没有与化肥同等的政策身份的问题，有利于从根本上解决有机肥使用途径不畅的问题，从而大大提高有机肥的利用水平，对推动我国农业可持续发展具有重大和深远的意义。
《条例》针对我国畜禽养殖业存在的现实环境问题，有针对性地提出了一系列对策。如对畜禽尸体处理提出了明确要求，并规定给予适当补助；如针对我国还存在中小养殖户集中、人畜混居、污染严重的畜禽养殖密集区域，将其作为农村环境治理的一个重点内容，规定由政府制定整治方案、落实资金并实施治理。
此外，为促进畜禽养殖业转型升级和高水平发展，《条例》规定对达到国家和地方相关标准（包括环保要求）的养殖场和小区予以用地、建设资金等方面的优惠和扶持，有利于推动畜禽养殖业向更适度的规模、更高的管理水平发展，有利于实现从向数量要效益朝着向规模、向管理、向质量要效益的转变。
