近年来，有些养殖户虽然给畜禽接种了疫苗，但临床发病的现象依然存在。现结合流行病学调查和动物实验室监测分析，主要存在以下几方面的因素：
1、疫苗接种的时间不适宜。动物免疫工作必须考虑到母源抗体的影响，免疫接种的时间过早，则会中和动物体内母源抗体，疫苗就起不到免疫作用；若疫苗接种的时间过晚，因动物体内母源抗体低，则可能在预防接种前已被病毒感染而发病。有些养殖户对购进来的幼畜是否有母源抗体方面的知识知之甚少，并且也很不在乎；农户难以确定接种疫苗的准确时间，对何时进行疫苗接种带有盲目性，其免疫效果也就存在不确切的可能性。所以，在实际中，有些养殖户虽然对自己购来的动物进行了疫苗接种；但由于接种时间不适宜，依然会影响免疫效果。
2、疫苗使用方法不正确。这种情形在禽类养殖中经常发生。有些养鸡户往往图省事，把本来应该滴服接种的疫苗改为饮水接种，因其使用方法不当导致免疫失败；另外，有的养鸡户虽然利用饮水接种疫苗的方法正确，但因使用的自来水带有消毒药，或者使用金属类饮水器，或者限水时间不够，或者疫苗饮水时间过长（超过两小时以上）等，造成疫苗效价降低，从而影响了免疫效果。
3、所有的疫苗保护率并不是100%。有的农户反映，我家猪打了疫苗但为什么还发病？虽然原因比较复杂，以上原因也尚在其中，但还有一个不得不说的原因，就是疫苗注射保护率并不是100%。在疫苗方面（包括人用疫苗），它们的保护率都不可能达到100%，究其原因主要有动物本身的因素，也有疫苗方面的关系，如动物个体差异、饲喂霉变饲料、使用抗生素及消毒药或疫苗有效成份等，对于一些动物来说量大或量小都有可能导致免疫失败。
因此，要提高动物群体的疫苗保护率，首先要保证供给畜禽全价配合饲料，坚决杜绝使用霉变饲料饲喂畜禽，其次是在免疫注射前后7日内禁止使用抗病毒药、抗生素及消毒药。同时进行实验室免疫抗体监测，依据抗体检测结果来科学实施疫苗的免疫。
