专家们普遍认为，条例的颁布将大力提升我国畜禽养殖废弃物综合利用的整体水平及畜禽养殖业的环境保护水平，有利于从根本上突破农业可持续发展面临的资源和环境瓶颈。
以环境保护优化畜禽养殖产业发展中国工程院院士金鉴明认为，近年来，我国畜禽养殖业发展迅速，已经成为农村经济最具活力的增长点。但由于我国畜禽养殖业发展缺乏必要的引导和规划，出现了布局不合理、种养脱节的现象，部分地区养殖总量超过环境容量，致使环境污染严重。“在《畜禽规模养殖污染防治条例》颁布之前，我国还没有国家层面上专门的农业环境保护类法律法规。
事实上，畜禽养殖业的环境问题已经成为妨碍产业本身健康发展的重要因素。”金鉴明指出。“畜禽养殖业要实现可持续发展、实现产业优化和升级，必须要加强环境保护。”金鉴明说，《畜禽规模养殖污染防治条例》的出台就是要推动畜禽养殖业从加强科学规划布局、加强环保设施建设，从而实现以环境保护促进产业优化和升级，为实现畜禽养殖产业发展与环境保护的和谐统一提供有力的制度保障。堵住污染，严防废弃物随意排放在中国环境科学研究院研究员韩永伟看来，畜禽养殖废弃物的综合利用率不高的另外一个重要原因是缺乏明确的规范要求。
通过立法加强畜禽养殖业的环境监管，严防废弃物不当处理和处置污染环境十分有必要。中国农科院研究员杨正礼认为，畜禽规模化养殖业疫病风险较大，一旦发生疫病将给养殖者带来难以估计的直接和间接经济损失。此外，养殖场所的环保水平还直接关系到邻里关系的和谐，不注意加强环保容易导致纠纷，也会直接影响产业发展。条例就加强畜禽养殖环境保护监管做出了系列规定，包括新改扩建畜禽养殖项目要依法进行环评；养殖场和小区报批建设的环节需要在环评文件中明确废弃物的处理措施；要建设与其产能规模相适应的废弃物贮存、雨污分流等污染防治设施，未建设、建设不合格或不能正常运行的不允许投产和使用；粪肥、沼渣、沼液还田要考虑土地消纳能力，严禁随意处置畜禽尸体等。“认真落实这些环保要求，对提高畜禽养殖场所防控疫病的能力以及促进与邻里关系的和谐都会有积极作用，从而更好地保障畜禽养殖业持续健康发展。”杨正礼说。多重措施鼓励废弃物综合利用中国农业大学教授董仁杰认为，畜禽粪便等废弃物是很好的生物质资源，可以用于制造沼气、生产有机肥，适量适时的还田利用对于保障土壤有机质含量、保障农田生产力的可持续具有重要意义。
但是由于缺乏有效的政策机制保障，大量畜禽粪便得不到有效利用，造成了水体和土壤环境的污染。”“如何建立推动农业生产方式转变的体制机制？如何改变长期以来畜禽养殖废弃物得不到合理利用反而形成环境污染的困局？条例正是破解这个难题的制度建设实践。”董仁杰表示。韩永伟指出，条例规定了一系列对废弃物综合利用的扶持和鼓励措施，例如：明确对沼气、制肥等综合利用设施以及沼渣沼液输送和施用、沼气发电等相关配套设施建设予以鼓励和支持。
此外，条例还规定了对废弃物利用予以税收优惠并享受农用电价格，对有机肥购买使用予以不低于化肥的补贴等优惠政策，利用废弃物进行沼气生产和发电的享受新能源优惠等。“这些规定都将有利于促进畜禽粪便等废弃物更多地流向综合利用，在提高环境保护水平的同时促进产业健康发展，实现双赢。”杨正礼说。
