退水时和退水后要彻底打扫禽舍，用清水反复冲洗地面、墙壁、养殖架和鸡笼等上的粪便和污泥，将清洗好的用具搬到室外，在阳光下暴晒3天～4天，用2%烧碱液或10%生石灰加1%烧碱混合液喷洒墙壁、地面、禽舍空间、鸡笼和其它用具进行消毒；也可对上述地方和用具喷洒3%来苏尔或0.02%～0.03%过氧乙酸液等后密封禽舍消毒1天～2天。禽舍四周和禽舍外墙面也要彻底清扫，将禽粪等污物运至距禽舍250米～500米外深埋、焚烧或堆积密封发酵进行无害化处理。禽舍四周和外墙面清扫后及时喷洒2%～3%烧碱液或0.02%～0.03%过氧乙酸液等消毒。清扫、冲洗和消毒必须周到、仔细，做到不留死角。抓实疫苗的接种和补种洪水中混有许多种使家禽致病的病原物，这些病原物随洪水进入到禽舍的每一个角落，很难彻底清除，加上受淹家禽多数饲养管理等欠佳，它们的体质和抗病力下降明显，极易引起新城疫、禽流感、禽霍乱和禽大肠杆菌病等疾病的发生，所以，一定要做好洪灾后疫苗及时接种或补种工作。洪灾后疫苗接种或补种应在家禽重新入舍之前做好。保证供应清洁饮水洪灾过后水源污染严重，很难找到清洁饮水，这也是造成洪灾后家禽疫病暴发的重要原因之一。
为保证家禽能饮用到干净的水，家禽少时可采用水烧开后待凉再饮的方法，也可用2.75%百菌消按1：2500或25%漂白粉每1000升水中加入7克～10克等进行饮水消毒，有很好的防控疫病效果。在饮水消毒的同时，每天还要对饮水器和水槽等消毒1次。为增强家禽的体质，提高抗病力，可按说明书在饮水中加入速补-18或速补-14等。重视维生素等的使用，以增强家禽抗病能力适量补充维生素A、维生素E、维生素D、维生B等，可以增强家禽体质和抗病能力。洪灾后，可按说明书在家禽饲料中加入适量上述维生素，能起到很好的防病效果。乳酸秆菌制剂、双岐杆菌制剂和芽孢杆菌制剂等有促进家禽生长和抑制大肠杆菌、沙门杆菌等肠道病菌的作用，可调节家禽体内的微生态环境，起到抗病、提高饲料利用率等作用，洪灾过后养殖户可按饲料量的0.1%～0.2%拌料饲喂。
