消毒水体水灾过后的养殖水体，因流入大量泥浆、地表有毒有害物质等，水体浑浊，透明度低。为防止灾后疫情暴发与传播，应对养殖水体进行及时的消毒处理，防治细菌病、病毒病的发生与蔓延。水体消毒剂一般有氯制剂、碘制剂、生石灰、醛制剂等。防治细菌病时，氯制剂、生石灰效果明显，防治草鱼鱼种的出血病时，碘制剂、醛制剂效果显著。一般而言，漂白粉按lppm剂量全池泼洒；强氯精或二氧化氯等氯制剂按0.1ppm~0.2ppm全池泼洒；生石灰的使用剂量为20ppm~30ppm，对改善水质与防治细菌性烂鳃病效果良好。在使用生石灰时，注意水体的pH值，一般pH值高于8.5时，不建议泼洒生石灰，可用氯制剂。调好水质洪水过后池塘普遍浑浊，水质较差，养殖户可根据所养殖对象不同采取相应措施，改善水质条件，对以养殖鲢鱼、鳙鱼、鲫鱼等应以肥水为主，对养殖虾、蟹应适当降低水体浑浊度，提高透明度为主。在对池塘等进行消毒处理后5天左右，可以使用光合细菌、枯草芽胞杆菌和硝化细菌等微生态剂，改良池塘水质。水灾过后，鱼体大多还处于应激状态，有资料报道，全池泼洒VC或葡萄糖制剂，可以在一定程度上缓解养殖动物对环境变化产生的应激反应。饲料优质洪水过后鱼的体质较差，必须投喂优质新鲜饲料和精饲料。
在投喂青饲料时，要用漂白粉等进行消毒处理，使用精饲料等配合饲料时，可添加复合维生素，以增加鱼体的抗应急反应能力和对病原感染的抗病力；在饲料投喂时，一定要注意把握“四定”原则，即：定质、定量、定位、定时。早晚巡塘在洪灾过后恢复生产的关键时期，尤其要坚持早晚巡塘，观察记录鱼的活动情况、摄食情况、体色情况、水质变化情况以及天气变化情况，做到勤观察、细分析，找原因，快处理。及时捞出患病鱼与死鱼，检查病鱼的体表症状，咨询专家，分析原因，采取相应的对策。深埋病死鱼、集中高温处理或集中用高浓度消毒剂处理，切忌将死鱼随便乱扔，坚持对捞死鱼的工具、器皿、人员进行消毒处理，加强水灾后渔业公共卫生与健康管理措施，防治疫病暴发或扩大化。
