畜牧农民专业合作社是在农村家庭承包经营基础上，由发展同类畜牧产业养殖和从事畜产品经营服务人员组成的自愿联合、民主管理的互助性经济组织。
主要以其成员为主要服务对象，提供饲料、技术、信息、设备、畜产品销售、加工、运输、储藏等服务，也是农村比较活跃的经济组织。但近年来很多畜牧类合作社从其发展运行来看，还存在五个方面的问题：
法规学习不深：合作社在发展运行中，片面追求数量和规模，忽视成员对《畜牧法》、《动物防疫法》、《饲料和饲料添加剂管理条例》、《兽药管理条例》和《种畜禽管理条例》等法律法规学习。有的将养殖场建在人口密集处、水源地、低洼处，粪污缺乏无害化处理设施，养殖环境脏、乱、差，防疫条件审查难以合格。一些成员在畜禽养殖环节依然使用假冒、伪劣、过期药品，抗生素长期在饲料中添加使用，药物未按休药期规定使用，畜产品质量安全难以保证。
一些种畜禽场系谱档案不健全，未有种畜禽合格证。个别营销人员对活畜及其产品检疫检验存在逃检行为。这些都反映了合作社成员对畜牧法规知识的缺乏和深入理解。
技术指导不力：合作社成员忙于发展生产，缺乏技术培训和知识更新，技术人员凭着经验指导生产。引种达不到种畜禽标准，家畜饲养管理粗放，畜舍规划布局乱且标准低，疾病诊断治疗手段落后，科技含量低，养殖生产效益不高，规模难以提高。
作用发挥不明显：合作社缺乏与外界的业务联系，发展自行其事，成员间缺乏利益纽带，工作运转依然单家独户，生产杂乱无序或有章不依，抵御市场风险能力不强。监事会形同虚设，成员权、责、利意识观念淡漠，开拓创新能力不强。
财务管理混乱：合作社内部财务会计报表资料不健全，没有财务年度报告、盈余分配和亏损处理方案，个人账户记载内容不全，不能如实反映出资额、公积金份额和交易额。
社会支持不够：合作社在发展中，由于资金缺乏，致使科技信息、技术培训、畜产品认证、设施建设、市场营销、技术推广等服务水平落后。加之宣传重视不够，导致一些畜产品不被社会认可。
