从最早的发现到“广东鹅”毒株中国最早的禽流感病毒研究可追溯到上世纪70年代。1978年，科研人员就从湖北的鸡身上分离出H5N8病毒；1980年，又从鸭子身上分离出H9N2病毒。但这些病毒都不是从发病的家禽身上找到——很多禽流感病毒的亚型并不引起禽类发病。在农业部的官方网站上，能够查询到的最早的禽流感疫情通报，是2004年1月27日，广西隆安县丁当镇死亡禽只的原因被确诊为H5N1亚型高致病性禽流感。新华社当时也发布消息说，此为“中国禽流感疫情的首发地”。然而学界一致认为，中国禽流感疫情的出现，比上述记载起码要早10年。国家禽流感参考实验室主任陈化兰介绍说，国内致病性禽流感病毒株的最早发现者，应当是广东的陈伯伦，发现的时间大约在1993年前后。
如今已退休的佛山科技学院（原佛山农牧专科高等学校）教授陈伯伦在接受《中国新闻周刊》采访时回忆说：1992年，广东省内的一些鸡场出现蛋鸡产蛋量下降的情况，不少人认为是减蛋综合征或传染性喉气管炎所致，甚至将其当作新城疫的一个新变种。由于误诊，当时使用的治疗方案没有起效果，养鸡场损失严重。长期与养鸡场打交道的陈伯伦注意到这一情况，于是就和张泽纪等人在广东省内的53个养鸡场采集了病理材料。为分离病毒，他们又自掏腰包购买试验所需的无特定病原种蛋。陈伯伦等人花了3个月的时间，经过几番检测，最终确定致病原因为H9N2禽流感病毒，研究结果发表在1994年《中国兽医杂志》第10期上。中国畜牧兽医学会禽病学分会对其做了成果鉴定，认为“该研究首次从我国分离到具有一定致病性的A型禽流感病毒(H9N2)”，并在当年召开的该分会学术研讨会上宣读了这一鉴定。然而，陈伯伦的研究并没有受到官方的鼓励。在农业部派出专家组赴佛山核实之后，一纸编号为“（1994)发(牧防)字第139号”的文件很快下达至全国各省畜牧局及其他有关单位。
文件说，“有部分院校和有关单位在不符合要求、条件简陋的实验室进行病原分离、疫苗研制、生产和区域试验。为防止疫源扩散和避免因注苗给诊断带来的干扰，请立即通知你省境内各有关单位，暂停有关禽流感的病原分离和疫苗试验工作。”根据该文件的规定，陈伯伦所在学校刚成立的禽病防治研究中心被撤销，他手头正在进行的禽流感疫苗研发也被迫中断。意外的压力还在后面。1995年，农业部向全国宣布了广东出现禽流感的消息。于是，广东的家禽产品遭到各省的封锁，损失惨重，陈伯伦因此受到了很多人的指责。在“139号文件”的压力下，相关人员对禽流感的研究转入“地下”。直至1996年，陈伯伦的同事叶润全从当地病死的家鹅体内发现一种新的禽流感病毒。经哈尔滨兽医研究所唐秀英鉴定，被确认为是具有高致病性的H5N1，也就是后来被业界常常提及的“广东鹅”毒株。H5N1与香港疫情当H9N2与H5N1病毒先后被确认致病时，农业部也相应地采取了捕杀、隔离等应对措施，但禽流感并未在中国大陆绝迹，它们在数以亿计的家禽体内悄悄积累、繁殖、演变，等待时机卷土重来。陈化兰曾对1999年至2002年间从中国家鸭体内分离到的H5N1病毒做过分析，研究结果表明，它们都来源于最早分离到的“广东鹅”毒株，并在长期进化过程中，有一部分毒株逐渐获得了感染并致死小鼠的能力——这也意味着这些毒株有可能感染人，引起人类的流感。她的这一结论于2005年发表在《美国科学院院刊》上。1997年5月，香港报告全球首例H5N1禽流感病毒感染人事件，当时造成18人发病，6人死亡。自那以后至今，全球人类感染H5N1禽流感的总数为628例，其中374人死亡。多年以来，中国国内每当出现H5N1禽流感病毒感染人的散发病例，都会引起高度关注，H5N1因而也成为被人类“严防死守”的重点。不过，中国内地学界始终认为，当年香港的H5N1禽传人事件，与内地禽类的禽流感病毒没有直接关系。陈化兰说，他们将香港的H5N1病毒与“广东鹅”毒株做了对比，发现只有一个HA基因相同，其他基因都不一样。她说，“当时，香港方面认为，这一病毒来源于3个病毒的重组，‘广东鹅’只提供了1个H5的HA基因，H9N2提供了内部基因，H6N1提供了1个NA基因，重组过程应当发生在活禽市场。”2004年，禽流感在中国家禽里大规模爆发，在1月27日~2月16日短短半个月多时间内，全国共有16省36市51县发生了H5N1高致病性禽流感，共计49起。自2005~2006年3月间，又有14个省（市、自治区）发生35起高致病性禽流感疫情，共死亡18.6万只家禽，扑杀2284.9万只。实际上，病毒跨越禽与人之间的障碍也可能“另辟蹊径”，那就是通过中间宿主实现变异。2009年3月起在墨西哥暴发的H1N1“人感染猪流感”，其病毒基因中就包含猪流感、禽流感和人流感三种病毒的基因片段，这种病毒迅速造成全球范围的蔓延，后被世卫组织更名为“甲型H1N1流感”。中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所流感研究室研究员郭元吉解释说，“通常情况下禽流感与人流感病毒不易相互直接传播，但猪对人流感与禽流感病毒都敏感，而且，还从猪身上分离出人流感与禽流感病毒基因重组形成的病毒株。所以有人认为，猪是人流感与禽流感病毒基因重组的‘搅拌器’。”从青海湖事件到意外出现的H7N9每年，成群结队的候鸟都要在寒冷的西伯利亚与温暖的东南亚之间来回往返。其中，东亚大陆上大大小小的湖泊，包括中国最大的内陆湖青海湖，是斑头雁等候鸟在迁徙过程中重要的中转地。野鸟与鸭子都是禽流感的天然宿主，二者体内可以携带多种亚型的禽流感病毒而不发病。而在中国，野鸟与鸭子共享水域和食物是常见的景象。因此一般认为，禽流感的传播途径，最初是由野鸟传给与之紧密接触的鸭子，再由鸭子进一步扩散给其他家禽乃至哺乳动物——此时，距离人类感染禽流感就只有半步之遥了。但青海湖的野鸟死亡事件却成为另一个节点。2005年5、6月，青海湖畔忽然有6000多只野鸟死于高致病性H5N1禽流感。以前从不发病的野鸟竟死于禽流感，这一反常的现象显示了病毒进化的威力，因而也引起了全世界的关注。很多专家认为，这标志着禽流感开始从家禽又回传到了野鸟。这一观点的代表人物是香港大学的病毒学家管轶。2005年7月，管轶与一些科学家在《自然》杂志上发表论文指出，多年来，H5N1病毒在南中国的水禽之间持续演变，到2004年，其中一种H5N1取得了遗传优势。论文指出，青海湖死亡候鸟体内的H5N1病毒基因，与南中国的家禽所携带的病毒极为相似，因此，估计这些候鸟受到了南中国的家禽的传染。同是在2005年7月，由时任中国科学院微生物研究所所长高福领衔的研究团队在《科学》杂志上发表了有关青海湖毒株的论文，该论文分析认为，青海湖禽流感病毒有可能是通过迁徙鸟从东南亚传入的。高福对《中国新闻周刊》记者表示，青海湖毒株是一种重排的病毒，“在理论上，‘广东鹅’毒株是现在H5N1所有分支的老祖宗，但青海湖毒株与它并不直接相关。目前在科学上，还找不到禽流感病毒从家禽传回到野鸟的直接证据。”对于造成青海湖野鸟死亡的病毒来源之争，陈化兰不愿做出评论。她说，“在青海湖出现的禽流感毒株，与我们以前在中国家禽体内发现的任何一种毒株都不一样。” 2005年，辽宁黑山的鸡场被感染了这一毒株，农业部对当地的2000多万只鸡做了彻底捕杀。陈化兰说，青海湖毒株经过候鸟的传播，如今已在全球范围内广泛存在，比如在埃及，引起了大量家禽及人类的死亡。但由于当时果断扑灭了黑山的疫情，中国的家禽体内至今都不存在这一毒株。从今年初春开始，在我国华东地区陆续出现感染人类的H7N9禽流感病毒。对于这种意外出现的病毒，有基因分析结果认为，它来源于中国的杭州鸭和韩国的禽类。另有研究则认为，该病毒起源于中国华东地区的家禽或野鸟。随着人类H7N9疫情的发展，陈化兰领导的团队也不得不暂时放下进行多年的H1N5禽流感病毒研究，把更多的精力用来应付鉴定H7N9的任务上。至于禽流感病毒在中国将如何演变，陈化兰说，从自然界中分离到的任何两个禽流感病毒，都不可能完全相同，因此，中国禽流感病毒的演变过程和趋势原本就是这么的复杂。
