第一类是含有毒害作用的肥料。农作物生产中使用最多的是尿素。农作物施用尿素后，会生成少量的缩二脲，该物质的含量超过2%，对种子和幼苗就会产生毒害。第二类是含有害离子的肥料。一类是氯化钾、氯化铵。此类化肥含有氯离子，施入后会产生水溶性的氯化物，对种子发芽和幼苗的生长不利。硝酸铵、硝酸钾因含有硝酸根离子，对种子发芽影响很大。第三类是含有腐蚀作用的肥料。
如碳酸氢铵和过磷酸钙，若用此类化肥作中药材栽培时的种肥，对种子的发芽和幼苗都会产生严重危害。若土质差，一定要用此类肥料，可将其施在沟下或底层，上面覆盖一层细土后再撒播药材种子；也可将过磷酸钙与土杂肥混合均匀后施用。在种植中药材时应避免此类化肥与药材种子的幼苗直接接触。
