国家级地方鸡种基因库（江苏扬州）由中国农科院家禽研究所承建。自1958年建所以来，该所一直重视我国地方鸡种的收集、保护、评价和开发利用工作。现已建成国内最大、世界上保存鸡种资源最多的基因库，活体保存了31个鸡品种，冷冻保存了168个地方禽种的13000余份DNA样本。创建了“家禽资源数据库”，建立了“中国畜禽资源动态信息网”。
国家级地方鸡种基因库下设种质资源研究室、生物技术研究室、家禽育种研究室共3个研究部门。种质资源研究室主要进行地方鸡种种质资源调查、收集与保护研究工作；生物技术研究室主要进行地方鸡种遗传资源的评价研究；家禽育种研究室主要利用基因库保护的地方鸡种进行优质肉鸡与优质蛋鸡的培育。20多年来，采用“家系等量随机选配法”开展保种工作，利用基因芯片等分子生物学技术，监测保种效果，最大程度地降低了遗传漂变，保持了地方品种的原有特性、特征，取得了较好效果。同时，开展了地方鸡种的种质评价与开发利用。通过对肉品质、蛋品质性状以及抗病、抗逆性状相关特异功能基因的研究，为蛋鸡和肉鸡育种提供了依据。以基因库地方鸡种为素材，利用现代家禽育种技术，经多年的定向选育，培育出国家级品种--邵伯鸡、苏禽黄鸡。基因库现有科技人员20名，其中高级职称8人，博士4人，中级职称10人，初级职称2人。其中承担了国家“973”计划、国家“863”计划、国家科技支撑计划、国家自然科学基金、江苏省自然科学基金、江苏省科技支撑计划等课题20多项。获农业部中华农业科技奖、江苏省科学技术进步奖、中国农业科学院科技进步奖等奖项。申请、取得发明专利7项，制定国家标准6项、行业标准5项、地方标准16项。在国内外核心期刊发表论文100余篇，其中SCI源收录21篇，出版专着12本。基因库技术人员在全国各地保种场、保护区就地方鸡种规范化保种技术与方法进行指导与帮助，并就地方鸡种饲养技术、疾病综合防治技术和商品鸡配套生产技术等内容举办培训班80余次，培训相关人员超过5000人次，发放饲养技术资料10000多份，为农业增效、农民增收做出了贡献。国家级地方鸡种基因库（浙江杭州）由浙江光大种禽业有限公司承建。该公司是一家专业从事优质鸡保种、育种研究和产业化经营的企业，是省级骨干农业龙头企业、省级农业科技研发中心，是我国目前唯一一家承担国家级基因库保种任务的民营企业，目前活体保存了17个地方鸡种。基因库位于浙江省海宁农业对外综合开发区，占地330亩，设有保种区、育种区、生产区、孵化区和生活区等，各区块有鱼塘或片林间隔相隔，形成良好的自然隔离条件和生态环境；各功能鸡舍配备相应的机械设备和降温设施，全场安装数码监控系统；自主开发并应用了保种繁育软件，提高了保种效率。基因库重视人才队伍建设，现有本科以上中高级专业技术人员18人，其中高级职称5人，中级职称4人，其余9人。
基因库与浙江大学、杭州农科院等科研院校建立了长期的战略合作关系，组成了高效、精干的技术团队。承担了多项省、市级科技课题，先后获得省科技进步二等奖、浙江省农业丰收奖一等奖、省科技进步三等奖等。基因库立足于科技创新，品种资源的保种和利用共存。利用资源优势，成功培育梅岭、梅黄、梅麻等系列优质土鸡，投放市场，取得了很大的社会效益；利用技术优势，积极开展技术服务，带动了当地养殖业的快速发展。做好保种工作，做精优质土鸡产业，为畜牧业增收增效做出了贡献。国家级水禽基因库（江苏泰州）由江苏畜牧兽医职业技术学院承建。基因库位于泰州市红旗良种场内，占地300亩，建筑面积1.4万平方米。基因库由活体保存区和实验中心两部分组成，活体保存区主要开展水禽种质资源活体保存工作，现收集保存了我国地方水禽品种17个。实验中心由遗传育种实验室和生物技术实验室组成，主要进行水禽遗传资源评价与分析、生产性能测定、肉品质测定、水禽分子生物研究、水禽基因工程研究等工作，现已开展了水禽优特基因研究、小群保种理论研究、资源评价利用研究以及抗病育种研究等。基因库现拥有专职科研人员10人，其中博士2人，硕士3人，本科3人，积极开展科学研究工作，近几年先后主持或参与省部级科研项目12项，获得省部级奖励9项，发表相关学术论文30篇。建立了中国水禽网和承担建设了江苏省农业种质资源数据库，有效开展了将行业信息、科研成果向社会发布的工作，并实现了资源共享。基因库注重发挥资源效应服务畜牧业的理念，积极开展了技能培训、外出技术服务、电话技术辅导等，编写科普书籍7本，培训及指导农户近4000人次，已在江苏省内建立了优质水禽良繁基地9家，累计为社会提供优质苗禽2200余万只，为社会创造良好的经济效益，取得了显着的社会效益。国家级水禽基因库（福建石狮）由福建省石狮市水禽保种中心承建。基因库位于福建省泉州石狮市蚶江镇莲埭，占地面积1200亩，建有保种鸭舍20栋共24000平方米、育雏舍2幢共1500平方米、可容纳6万立方米的蓄水池1个。基因库内设水禽研究所，研究所设有生化实验室、分子生物学实验室、蛋肉品质测定实验室、资料档案室等，同时购置了仪器设备62台（套）。保种舍和育雏舍都配备有自动饮水系统、小水面运动场、排污沟和防鸟网等设施。每栋鸭舍都安装闭路监控设备，闭路监控系统的视屏电视及操作台安装在水禽研究所综合楼的展示厅内，不仅可以24小时监录各栋鸭舍的种鸭动态，而且还可以供来视察、参观者通过视频电视直接观看各水禽品种的动态影像。保种区、育雏舍、孵化区、生活区、办公区相互隔开，各自成为独立单元，基因库基础设施完善、布局科学合理。采用家系保种，每幢保种舍饲养一个品种，目前已具备备份保护20个水禽品种的能力。现已保存了15个水禽品种（品系）。其中有6个品种已采用“群体家系等量随机选配法”进入家系保种，其余9个还处于筛选、整理、提纯阶段。编制了保存的各种水禽品种信息资料并建立了种质资源数据库。基因库现有技术人员21人，其中高级畜牧师1人，畜牧师3名，助理畜牧师2名，畜牧专业研究生学历2人，本科生3人，并选派具研究生学历的技术人员参加在职博士学历学习。承担了“国家水禽资源基因库及数据库的建立”、“福建省水禽遗传多样性研究”、“福建黑番鸭基础群建立与遗传多样性研究”等多项省部级水禽科研课题，取得了丰硕的科研成果。基因库重视发挥资源服务社会的职能，通过各种渠道，在全国范围内开展养鸭技术培训、技术指导等服务；协助创办了“福建黑番鸭原种场”等多个优质水禽良种繁育基地，累计为社会提供优质苗禽1000余万只，创造良好的社会效益，也取得了一定的经济效益。
