目前有很多关于畜禽粪便直接使用时导致的庄稼死亡的现象，如湖南省益阳市赫山区某莲藕种植户直接施用新鲜猪尿粪导致他的几亩天的荷叶打焉，有些严重的导致植物的死亡，所以不能直接使用，必须经过处理，而微生物发酵处理则又是更好的方法，如肥料发酵剂处理快速，只要几天就可，大大缩短制作时间，去臭，提高了肥效，这主要是因为象肥料发酵剂有高效的功能微生物。没有经过处理的粪便有如下危害：
传病虫害 粪便中含有大肠菌、线虫等病菌和害虫，直接使用导致病虫害的传播、作物发病，对食用农产品的人的身体健康也会产生影响；未腐熟有机物质在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害，导致植物病虫害的发生。
发酵烧苗 不发酵的生粪施到地里后，当发酵条件具备时，在微生物的活动下，生粪发酵；当发酵部位距根较近或作物植株较小时，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时会导致植株死亡。
毒气危害 在分解过程中产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤。
土壤缺氧 有机物质在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性地处于缺氧状态，在这种缺氧状态下，会使作物生长受抑制。
肥效缓慢 未发酵腐熟的有机肥料中养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态才能被作物吸收利用。所以，未发酵直接施用会使肥效减慢。发酵时也最好选专业场商的发酵剂如肥料发酵剂。
