微生态制剂是指将已知的有益微生物经现代生物工程技术，进行培养、发酵、干燥等特殊工艺制成的微生物制剂。
微生态制剂包括活菌制剂（直接饲喂微生物）和微生物培养物等。动物微生态制剂能有效补充畜禽消化道内的有益微生物，具有改善消化道菌群平衡、增强机体抗病性、提高代谢以及饲料的吸收利用能力，从而达到防治消化道疾病和促进生长等多重作用。微生态制剂具有无毒、无副作用，无残留、无污染，不产生抗药性，成本较低等特点，是理想的抗生素替代品。当前代表先进水平的微生态制剂包含了医药、生物技术、发酵技术、动物营养、兽医技术等诸多方面的进步与发展。
理想的可直接饲用的微生物菌种应该是：
不会使人和动物致病，不与病原微生物产生杂交种；
在体内外易于繁殖，体外繁殖速度快；
在低pH和胆汁中可以存活，并能植入肠黏膜；
在发酵过程中能产生乳酸和过氧化氢等物质；
能合成对大肠杆菌、沙门氏菌、葡萄球菌、梭状芽孢杆菌等肠道致病菌的抑制物而不影响自己的活性；
经加工后活菌存活率高，混入饲料后高温下稳定性好；
最好来自动物自身肠道中；
有利于促进宿主的生长发育及提高抗病能力。
1999年农业部（第105号公告）公布了允许使用的的饲料级微生物添加剂菌种12个：干酪乳杆菌；植物乳杆菌；粪链球菌；屎链球菌；乳酸片球菌；枯草芽孢杆菌；纳豆芽孢杆菌；嗜酸乳杆菌；乳链球菌；啤酒酵母菌；产朊假丝酵母；沼泽红假单胞菌。不在上述允许范围的菌种用于微生态制剂生产时需由国家指定部门做严格的安全性评价。
