近二十年来水产养殖业迅猛发展，集约化高密度养殖规模日益扩大，与此同时，未经处理的养殖废水和工业、生活污水的排放使水体受到严重污染，养殖生态环境遭到破坏，导致病原微生物种类增多和传播速度加快，养殖生物病害发生日趋严重，给水产养殖业造成严重损失。据不完全统计，每年全国发生中等程度以上的养殖病害面积占养殖总面积的15％～20％，产量损失超过100万吨。目前，主要使用药物来控制病害的发生，一些严重威胁养殖动物的病害，由于药物的使用而得到不同程度的控制，但是也应该看到药物防治存在的弊端也越来越明显，比如过度使用抗生素药物不仅使细菌耐药性增加，破坏和干扰养殖环境的正常微生物区系，导致微生物的生态失调，产生二重感染，还使抗生素在生物体内残留、富集，最终将会对人体构成危害。
根据可持续发展的观点，建立清洁养殖模式，是保持水产养殖健康、稳定发展的重要手段，其中微生态制剂无毒、无副作用，无残留污染，不产生抗性，能有效的改善养殖生态环境，提高养殖动物的免疫能力，减少疾病的发生，增进健康、促进生长，维持养殖生态平衡。用于水产养殖的微生态制剂应该包括细菌、真菌、藻类及其代谢产物在内，旨在改善动物肠道环境和水生态环境的微生物平衡，增强免疫防御能力，抑制病原微生物，促进动物生长。
使用微生态制剂可降低氨氮、亚硝酸盐、硫化物等有害物质，加快氨氮、亚硝酸盐向硝酸盐转化，以有益于藻类繁殖。正常水体中，存在此类菌，随意使用，反而破坏了平衡，同时活菌生长繁殖需要一定的条件。如光合细菌需要光照，无氧，有机物丰富；硝化细菌、枯草芽孢杆菌却需要溶氧，氧气不足只能降低氨氮，不能降亚硝酸盐。外用时应针对具体情况，加以选用。内服产酶益生素能提高饲料转化率，降低粪便中的有害物质，从肠道不断排出的活菌能稳定地净化水质，不会因外用活菌的突然进入破坏生态平衡，而且成本低。
将微生态制剂直接加入养殖地要注意环境是否适合有益菌的生存和繁殖。如水体加人了抗生素等化学物质，就会降低微生态制剂的作用效果。微生态制剂的加入量要求使有益菌成为优势菌，在养殖水体才能发挥最大的作用，因此如果中间换水和使用消毒剂，应在换水后或使用消毒剂几天后补加首次使用的剂量。
有关专家学者指出，对于水产养殖动物而言，药物防治疾病只是暂时性的手段，而且存在着对产品食用安全性等问题；生态防治才是解决问题的基本出路。因此，要加强对微生物群的作用特点和优化养殖水域生态结构的研究，使养殖活动良性循环发展，才能取得更大的经济、社会和生态效益。长期合理地应用微生态制剂必定会使养殖水域形成有益微生物菌群的生态优势，起到促进养殖活动健康发展的良性循环作用。
