据台湾媒体报道，纪录片导演李惠仁揭发政府隐匿禽流感H5N2疫情后，马英九已要求“农委会”公开向社会大众道歉。民进党“立委”李应元今（6）日召开记者会表示，“这次防疫的大漏洞，简直就是SARS期间马市长隐匿和平医院病情”，造成全台疫情恶化的翻版，最该向全台人民道歉的是马英九自己。
李应元表示，民进党执政当时采“料敌从宽”与“预防”原则，跨部会总动员，包括强化养畜禽场生物安全措施、病毒监测工作、筹措防疫物资、研发禽流感疫苗、强化宠物鸟管控措施、建立高危险群人员名册（相关产业有关人员）、加强国际防疫交流与对民众宣导，以及办理防疫演习。
李应元表示，当时建立的防疫体系，现在可能螺丝都松了，建议马当局必须要尽速“补破网”，立即全面对养鸡场进行禽流感抗体调查，确实掌握疫情的真相，避免高病原性的疫情不断扩大。他说，否则禽流感病毒基因重组迅速，什么时候会传染给人类都说不定。
他也呼吁，养鸡户自救，因为当局已不可信赖，在养畜禽场架设防鸟围网设施，降低病毒借由野鸟传入的风险。
