早在本世纪初（1907年）著名细菌学家梅切尼科夫即提出饮用酸奶可以延年益寿的假说，而微生态制剂真正用于防治疾病却是近20年的事。
日本是世界上研制开发和利用微生态制剂较早的国家之一，其产品主要是双歧杆菌活菌制剂。在70年代初，已将双歧杆菌活菌制剂用于临床治疗腹泻。至80年代中期已有26种产品，90年代已达到饱和状态。据报道至今在日本生产这类制剂年产值达200亿日元以上的企业已有10余家。其品种分3大类，即双歧杆菌食品（包括双歧酸奶，双歧杆菌乳制品、双歧杆菌面包及饼干类）。双歧杆菌保健食品（含双歧因子），以双歧杆菌促生因子为中心的特定保健食品（包括强化寡糖类食品及双歧杆菌、乳杆菌培养物的提取物等）和双歧杆菌药品（包括单菌制剂和联菌制剂），其剂型有粉剂、颗料剂、锭剂、胶囊剂和微胶囊剂等多种。其他许多国家，例如德国、美国、法国、意大利、荷兰、英国、俄罗斯和韩国等亦都有不同类型的微生态制剂的产品，有的产品近年来已进入我国市场。
我国微生态制剂在水产养殖业中的应用研究始于20世纪80年代初期，最早应用于水产养殖业的微生态制剂是“光合细菌”，主要是用于调节养殖水质，同时也在光合细菌的培养扩增技术、干法和湿法保存技术及应用效果方面做了大量工作；其后，水产养殖用微生态制剂的研究和开发领域与内容也更加广泛，到目前为止，已有乳杆菌属、双歧杆菌属、弧菌属、假单孢菌属、芽孢杆菌属的众多种类及硝化细菌、光合细菌等应用于水产养殖业。
在水产养殖界最早用于大生产的是“光合菌”，随着科学技术的进步与发展，用于大生产的品种越来越多，如：美国的麦克可林，BZT、泰国的“百安威”、美国技术泰国生产的“爱科玛利”等等，我国最早投入市场品种有“西菲利”，特别是2000年以后发展很快的品种很多，有“益水素”、“利生素”、“EM”等等举不胜举。
微生态制剂近两三年来已引起人们的普遍关注，其在水产养殖中的作用越来越大，效益越来越高，微生态制剂的广泛应用是对以使用消毒剂和抗菌素为主的传统养殖模式一次技术革命。
