养殖业也是抗生素滥用的重灾区。据媒体报道，我国抗生素一半用于临床，一半用于畜牧养殖业。专家推算，中国每年生产的大约21万吨抗生素原料中有9.7万吨用于畜牧养殖业，占年总产量的46.1%。
滥用抗生素的危害
抗生素本来的功能是通过杀灭或者抑制进入机体的病原菌治疗疾病，它不是动物所必需的营养素，没有必要在日常饲料中添加，更不应该在饲料中大剂量添加，造成对人类健康和食品安全的危害。
抗药性
细菌对抗菌素的耐药越来越普遍。以肺炎链球菌为例，目前耐药状况非常严重。对青霉素不敏感20%以上，对大环内酯不敏感高达75.4%，对头孢克洛的不敏感达近30%。大量耐药菌的出现对医疗及社会造成的危害巨大，可能会造成抗感染治疗的失败，住院时间的延长，甚至患者的死亡。上世纪60年代，全世界每年死于感染性疾病的人数约为700万，而这一数字到了本世纪初上升到2000万。死于败血症的人数上升了89%，大部分人死于超级病菌带来的用药困难。开发一种新的抗生素一般需要10年左右的时间，而一代耐药菌的产生只要很短的时间。显然，抗生素的研制速度远远赶不上耐药菌的繁殖速度，用抗菌素治病救人的美景将会消失。
抗生素残留
随意添加或超量添加饲用抗生素，会使肉、蛋和奶等农畜产品中蓄积抗生素，通过食物链进入人体内，使人们天天间接接触抗生素，导致人体患病时用抗生素治疗的效果消失。
破坏肠道微生物
动物肠道内的微生物有些是有害的，许多是有益的，它们合成的某些维生素是人体所必需的，但是抗生素会不具选择性地一起抑制或杀灭。因此，滥用抗生素也会破坏动物肠道微生物的平衡，影响动物对营养物质的消化能力和动物的生长性能。
免疫抑制
磺胺类药物在动物幼体期使用会抑制骨髓的造血功能，引起粒细胞减少、溶血性贫血、再生障碍性贫血等情况发生。氯霉素作用于胸腺，可使其皮质、髓质界限失常；作用于脾脏，可使其滤泡消失、白髓结构松散；作用于盲肠扁桃体，可使其淋巴组织减少，还可损伤肝组织和肾组织，破坏骨髓造血功能，全面破坏免疫应答，使动物抵抗力、免疫力严重下降。研究还证明，链霉素、红霉素、先锋霉素和多粘菌素B都能抑制免疫功能，削弱机体抵抗力。
毒副作用
链霉素、卡那霉素可引起眩晕、耳鸣、耳聋。庆大霉素、卡那霉素、多粘菌素、万古霉素、杆菌肽可损害肾脏。红霉素、林可霉素、强力霉素可引起厌食、恶心、呕吐、腹痛、腹泻等胃肠道反应。环丙沙星可有轻度的胃肠道副作用；氯霉素可引起白细胞减少甚至再生障碍性贫血。
另外，抗生素还有致基因突变、引发畸形和诱发癌症等毒副作用。据北京日报报道，我国7岁以下儿童因为不合理使用抗生素造成耳聋的数量多达30万，占总体聋哑儿童的30%~40%，而一些发达国家只有0.9%。在住院的感染病患者中，耐药菌感染的病死率为11.7%，普通感染的病死率只有5.4%。
