由于国家和各级主管部门对水禽产业的重视高度不够，使水禽业发展出现了诸多问题，国家水禽产业技术体系首席科学家侯水生研究员指出：目前我国现有的关于水禽业的数据资料和相关报道广泛采用的是调查性数据，这些数据严重失实，与实际生产情况差距较大，尤其是品种资源方面。因此，在现阶级对于水禽种质资源的客观评价十分重要，对此，我们要尊重事实。目前我国水禽自繁自养现象普遍、问题突出，致使很多优良品种资源得不到利用，甚至丧失，此外，传统观念认为水禽抗病力强，再加上水禽饲养设备简陋、设施陈旧，与生产需要相差很多，致使水禽生产性能得不到充分发挥，疫病多发。
因此，通过对育种技术的研究，建立起相应的平台，提高抗病育种能力等，是水禽业应该重点发展的方向。
据侯水生研究员介绍：国家水禽产业技术研发中心，于2008年10月1日至12月组织水禽产业技术体系的全部15个科学家团队和14个试验站，对全国21个水禽主产省、市、区的420个用户单位进行了调研。其中各级政府单位27家，行业协会及合作社16家，水禽企业179家，水禽个体养殖户159家，其他39家。调研结果表明：水禽品种、疾病防治、养殖技术是主管部门、水禽养殖企业和个体养殖户提出问题最多的环节，也反映出以上三方面问题在水禽产业中的重要性。
品种繁育
1.水禽良种繁育体系不健全，盲目依赖国外品种
在调研对象中，有39％的企业及13％的个体养殖户提出了水禽品种方面存在的问题。在调研中发现，我国番鸭肉用性能和鹅品种肥肝性能低下。国内作为半番鸭生产父本的番鸭及用作肥肝生产的鹅品种均是国外引入品种。通常引入的番鸭及肥肝用朗德鹅最高为祖代，不能引进曾祖代。在生产实践中，国外水禽品种在引入后，随使用年代的延长，品种特性逐步退化，生产性能下降严重，后代整齐度低。往往使用几年后需重新引种，国内水禽品种未进行系统选育，育种与制种环节相脱节，造成国内水禽良种繁育体系不健全。因此，迫切需要选育出具有自主知识产权的高生产性能水禽品种，以缓解专门化品种缺乏、良种繁育体系不健全对我国水禽业发展的严重制约。
2.鹅繁殖季节性与繁殖效率低制约了养鹅业规模化和产业化发展
长江流域以南各省所饲养的鹅种，繁殖性能都较低，同时还存在严重的季节性。不少鹅种年产蛋仅28个至45个，一些鹅种全年中在春季和夏季有半年左右休产，不仅不利于利用春夏季丰富的饲草资源，还造成了全年肉鹅生产的不均衡，雏鹅成本居高不下，使鹅产业难以快速、健康和可持续发展。
3.水禽品种出现混杂退化现象
据调查，大多数种鸭场种鸭品种来源多样，一般对种鸭不进行系统选育，鸭群自繁自养，高度近亲繁殖，鸭群整齐度很差，体型外貌、生产性能各异。同时，盲目过多的杂交改良也往往使水禽原有的种质特性退化，一些地方品种资源生存受到严重威胁。
疾病防治
1.传染性疾病对水禽养殖业构成了巨大威胁
本次调研发现，老的水禽传染病（鸭瘟、鸭病毒性肝炎、小鹅瘟、番鸭细小病毒病、鸭传染性浆膜炎、鸭鹅大肠杆菌病、禽霍乱和沙门氏菌病）仍在流行，新的传染病不断出现（副粘病毒病、番鸭呼肠弧病毒病、樱桃谷鸭源呼肠弧病毒病、鹅呼肠弧病毒病、鸭和鹅的圆环病毒感染、鸭“脾坏死病”、番鸭“肝坏死病”），有些疾病（鸭病毒性肝炎）虽然在国内流行较久，但其病原发生了变异（基因C型鸭肝炎病毒）或出现新的病原（鸭星状病毒），某些过去认为水禽可感染但不发病的病原（副黏病毒）也已转变为致死性感染，使得水禽疾病的防控形势更加严峻。
2.水禽疾病快速诊断检测技术落后，药物使用混乱
水禽养殖企业普遍反映，水禽疾病不仅缺乏快速诊断技术，而且用于水禽疾病预防的疫苗少，且效果有待进一步提高。目前可供我国水禽业使用的疫苗种类非常有限，目前只有禽流感疫苗、鸭瘟疫苗和小鹅瘟疫苗共三种疫苗。番鸭细小病毒病、鹅副黏病毒病、鸭病毒性肝炎疫苗（血清1型）和番鸭呼肠弧病毒病虽然研制成功，但有待于商品化。尽管生产中也有一些没有批文的相应灭活疫苗在使用，但此类疫苗质量难以得到保证，加上疫苗抗原的血清型与养殖生产中流行的血清型往往有差异，效果难以得到保证。同时，水禽业缺乏快速有效的临床诊断技术，适合于基层使用的检测技术更是缺乏。在水禽生产中，养殖公司的技术人员和各地基层兽医多依靠肉眼和以往的经验进行水禽疾病的诊断，虽然某些疾病真有较典型的临床表现和病理变化，据此可对疾病做出初步的诊断，但不能做出准确的诊断。同时，由于水禽疾病难以确诊及疾病防治缺少相应专用性疫苗，导致水禽养殖盲目用药现象也时有出现。
养殖技术
饲养方式落后，多以农户分散养殖为主。调研发现，我国水禽集约化养殖与分散养殖两种方式并存，且小规模农户分散养殖占有较大比例。这其中，蛋鸭和鹅养殖主要采用水域放牧饲养或半放牧饲养，集约化程度低，放牧对周边水域污染严重。而肉鸭主要采用大棚养殖方式进行饲养，养殖设备设施落后，饲养环境脏、乱、差，饲养密度大，饲料转化效率低，极易导致传染病暴发。
饲料与营养
1.水禽饲料配制技术不能满足产业快速发展的需要
调研发现，国内外缺乏对水禽的生理变化、营养、饲养及饲料配制技术的系统研究；鸭鹅专用饲料生产能力明显不足；水禽饲料生产多根据经验或引用肉鸡、蛋鸡标准，或参考国外标准，缺乏规范性、科学性。
2.水禽饲料营养价值评定尚未开展，造成饲料资源浪费严重
目前，水禽常规饲料原料代谢能、氨基酸消化率的数据缺乏。水禽饲料配方设计缺乏相应的饲养标准，而且饲料能量、可消化氨基酸的数据完全参考鸡的数据计算出来。
产品深加工
1.小型加工厂、作坊式企业多，工业化程度低
从事板鸭、酱鸭、蛋品加工生产的私人作坊很多，广大市民日常生活中食用的鸭鹅熟制品，80％都是家庭作坊和小企业生产的，手工操作。国内鸭鹅加工企业数量虽然多，但大多数企业由于投资规模偏小，资本实力不足，技术力量不强，带动力弱，对产业发展的贡献不高。
2.缺乏统一的产品质量安全标准和完善的质量监控体系
我国传统水禽肉制品历史悠久，种类繁多，但产品缺乏统一的质量标准和质量控制体系，导致产品质量参差不齐，不但影响了产品形象，更危害消费者健康。大多企业只注重对原料进行质量安全检验，而且检验的主要是外形，只有部分企业对终产品进行检验。在从原料收购、加工、包装、运输、流通、销售全程进行质量监控的企业极少。
产业经济规模
我国水禽产业布局、生产规模、产品结构、经营状况、市场发展与需求等不明确，使产业数据来源不可靠，可信度低。导致市场波动频率加快，生产者的风险加大，这些问题迫切需要政府政策引导，建立起国家水禽产业经济信息平台。
