个体户升级为企业只是万里长征第一步，接下来的认证任务则更加艰巨。
《广东省兽药GSP检查验收办法》对认证验收程序有非常明确的规定，企业须先按照兽药GSP规定自评，自评过关后向兽医行政部门提出申请，兽医行政部门初步审核通过后，会到申请企业现场验收评审。
“按照谁发证、谁评审的原则，一般药物的经营企业由各县区市自行组织评审验收。”广东省畜牧兽医局兽医处副处长罗建民介绍。目前全省430多名检查员，一般每个县设一个检查组。全省各类兽药经营主体10000家，目前尚不清楚会有多少家申请认证。不过，进度较快的江门的情况可窥见一斑。
龚荣茂称，江门大约有七八百家兽药经营主体。按最近摸底情况看，60%—70%的企业会申请认证，也就是说大概会有500家企业将在未来一年多时间内接受认证。不过，江门全市5个县区市只选拔了20多名兽药GSP认证检查员，每个检查组大约要在一年内认证100家企业。
如此工作量并不轻松。按照此前农业部对兽药GSP检查的要求，检查人员除检查企业硬件，如仓库面积、冷库(柜)等相关设施、设备，还要了解企业经营的兽药品种；在软件上，须检查质量管理、进销存、人员培训方面等一系列规章制度，以及经营人员的执业资格、经营许可、电脑操作能力等等。目前乡镇兽药门店不少都是“夫妻店”，经营者素质不高，如果严格执行相关检查规定，复检率相信不会太低。
龚荣茂介绍，从现在估计来说，每个企业从初审到现场检查大概需要半天到一天时间。按检查一家企业费时0.75天计算，兽药GSP认证将花去75个工作日，占全年总工作日(250天)的近1/3。
更让人担忧的是，目前全省430多名负责兽药GSP认证的检查员，来自兽医、动防等职能部门。他们并非专职检查员，平时都有各类日常工作及专项活动。如此一来，除去个体户升级为企业以及检查员日常工作与专项活动时间，留做兽药GSP认证的时间将更加紧张。
龚荣茂感叹，压力很大，而且检查员主要由兽医、动防部门推荐，编制有限，很难再增加。
与江门相比，粤西、粤北的形势则更加严峻。化州市畜牧兽医局兽医股庞股长说，全市有190多家各类兽药经营主体，预计申请认证的企业不会少于100家，而该市检查员一共只有3名。化州所在茂名市共有800多家各类兽药经营主体，申请认证的企业不在少数。无论是化州市畜牧兽医局兽医股庞股长，还是茂名市畜牧局兽医科赖姓工作人员，都对能否按时完成兽药GSP认证工作表示担忧。
事实上，影响兽药GSP认证的不利因素远不止这些。多位检查员称，除了人手紧缺外，检查员的工作热情如何保障也是问题。兽药GSP认证是现有工作基础上的增量，这部分工作业绩如何考核，有无配套办公经费等等问题目前都悬而未决。而且乡镇兽药店地理位置大多分散，特别在山区乡镇，交通极为不便，如果没有相应的津贴补助或交通工具配套，不但会影响认证效率，而且会打击检查员的工作积极性。
