随着我区经济社会的快速发展，传统的四季游牧、靠天养畜的畜牧业生产方式和以产品生产为主要内容的畜牧业经营方式与现代社会的不适应性日益凸显，严重地制约了我区优越畜牧业资源禀赋的发挥和农业、农村经济的快速发展。
针对这些问题，1996年、2002年和2008年自治区党委、人民政府先后三次召开全区畜牧业工作会议，出台了《自治区党委、自治区人民政府关于加快发展畜牧业若干问题的决定》和《自治区党委、自治区人民政府关于加快现代畜牧业发展的意见》等一系列政策文件，将畜牧业作为实施优势资源转换战略和加快农业农村经济发展的突破口之一，以改造提升传统畜牧业和开拓创新现代畜牧业为方向，加快转变畜牧业发展方式，初步实现了畜牧业生产格局由以草原畜牧业为主向农区、草原、城郊畜牧业并举的转变，生产方式由粗放、低效的单一化生产向规模、高效的产业化经营的转变，生产方向由自给自足型向商品经济型的转变；增长方式由依赖数量增长向质量效益的转变，全区畜牧业逐步走上了跨越发展的快车道。
党的十七届五中全会勾画出了我国未来5年经济社会的发展蓝图，中央促进新疆经济社会跨越式发展的战略决策对新疆畜牧业发展方式的转变提出新的更高的要求，面对国家和各省市援疆力度不断加大的历史性机遇，需要我们坚持以科学发展观为指导，统筹规划、科学布局、突出重点、分类指导，着力调整优化畜牧业生产结构，努力提高畜牧业综合生产能力，切实保障畜产品供给和质量安全，为将我区建设成为国家重要的畜产品生产基地和对外加工出口基地而不懈努力。当前要重点抓好以下几个方面的工作。
1.扎实推进草原生态保护补助奖励机制和牧民定居等配套工程建设。使我区天然草原生态环境明显改善，草原畜牧业生产方式根本转变，农牧民收入和生活水平逐步提高，社会主义新牧区建设取得突破，农牧民同步小康目标稳步实现。
2.稳定畜产品生产，保障市场有效供给。一是落实好自治区人民政府关于稳定新疆奶业发展的各项政策措施，稳定奶业发展；二是进一步推进生猪生产向标准化、集约化方向发展，积极开拓区外及中亚和俄罗斯生猪市场，增强生猪产业的市场竞争力；三是扶持建设一批肉牛肉羊生产示范场，促进肉牛肉羊生产向专业化、规模化方向发展，提高肉牛肉羊养殖效益和产出，尽快扭转疆内牛羊肉市场供给不足，价格持续高位运行的局面。
3. 加强牲畜良种繁育体系建设。抓好地方畜禽品种保种场、保护区建设，创建一批国家级畜禽遗传资源保种场和保护区，继续实施“牲畜品种改良冷链体系”建设工程，配齐基层配种站点冷链设备设施。加强家畜繁殖工培训和星级管理，大幅提高牲畜改良率。
4.加强重大动物疫病防控，确保畜牧业生产安全。一是落实好以免疫为主的各项防控措施，强化免疫保护屏障；二是加强动物卫生监督，严防疫情传入和传播；三是健全应急机制，提高突发疫情处置能力；四是健全村级动物防疫员利益保障机制，切实加强兽医队伍建设。
