1育种的低水平重复现象普遍存在
中国农业科学研究院家禽研究所陈宽维等认为，国内几乎所有的黄鸡生产企业都进行不同程度的育种工作，每个企业的育种都进行了适合市场需求的各个类型的配套系选育，少的选育几个品系，多的达到几十个品系；各个养殖企业全力收集育种素材，进行同一方向的性能选育，其测定条件差，选育的遗传进展慢。假如按我国90个企业育种，平均每个企业育种素材保存数量5个，每年用于育种素材的支出达到3000万元以上，每年用于育种的投入超过亿元，如此的投入是一种严重的浪费。
2饲养标准缺失
开平市参皇养殖有限公司周彦文指出，因缺乏某些杂交型黄鸡的营养需要标准，许多养殖场完全套用了白羽快大型鸡营养需要量标准，或参照肉用仔鸡的相关营养参数和试验数据，并结合个人经验加以调整使用，这样的做法具有一定的盲目性，难免造成饲料浪费，增加饲养成本，也难以发挥肉质优势和保证产品规格的一致性。
3疫病发生的频次仍偏高
华南农业大学兽医学院徐成刚、焦培荣从疫病监测情况看：全国黄羽肉鸡近期没有发生禽流感等重大动物疫情，但疾病的种类并未减少，其中绝大部分是病毒性传染病。同时，疫病发生的频次仍偏高，有些还形成地方性流行。病原体变异和混合感染的现象较为普遍，导致疾病的临床表现非典型化。
4深加工滞后
2004年，国内暴发禽流感疫情后，活禽及其产品流通遭遇严重冲击，如此“短腿”，凸显了家禽养殖业规避市场风险的薄弱环节。
据赵卫平反映：目前，依旧是卖鲜活鸡(一般指在销售时宰杀、去毛的鸡)的多，转化加工(至多初加工)的少；在本地区销售的多，跨区域销售的少，精细深加工的几乎没有。同时黄羽肉鸡未能开发出与现代消费接轨的富有特色的系列商品，造成商品转化率低，容易导致产业化过程中效益相对低下、经营风险变大的局面发生。
