自6月18日强降雨以来，农业部和相关省份农业部门按照农业重大自然灾害突发事件Ⅳ级应急响应工作要求，强化灾情调度和应急值守，及时派出工作组深入田间地头、畜禽圈舍、养殖鱼塘，与基层群众一起，扎实做好强降雨天气应对和防灾减灾工作。 种植业方面：灾害发生后，有关地区农业部门按照农业部统一部署，迅速落实抗灾救灾各项措施。江西成立了省农业厅防汛紧急救援小组和防汛协调小组，全力做好灾情调度、信息报送、救灾指导、灾区防疫、后勤保障等工作。湖南启动省、市、县三级汛期24小时值班制度，明确专人每天收集和核实灾情，同时组织100万元的种子、肥料等救灾物资，支援重灾区开展生产自救。广东切实加强病虫害预警监测，指导农民科学施药，防止降雨天气过后发生重大病虫害。广西组织14个督导组深入灾区了解灾情，帮助受灾群众解决生产困难。
畜牧业方面：迅速启动受灾地区畜牧部门24小时值班制度，全力以赴开展抢险救灾工作。广西、福建、江西、湖南、浙江五省（区）畜牧兽医部门深入灾区，指导开展灾害评估，对所有因灾死亡畜禽及时进行清理和无害化处理，消除疫情隐患。加强灾区疫情监测和检疫监督，积极筹划恢复重建。截至目前，没有接到重大动物疫病和人畜共患病报告。
农垦方面：广西、福建、江西、湖南、浙江五省（区）垦区农场成立应急专班，实行24小时专人值守，昼夜巡查病险水库，密切监测水库雨水情，加大垦区学校、医院等人员密集场所和重点部位检查力度，确保人员安全。
渔业方面：立即启动养殖业防灾减灾应急预案，福建等省渔业部门及时派出工作组奔赴受灾第一线，指导渔民加固水产养殖大棚等设施，做好死鱼无害化处理，对被淹和损坏的池塘及时消毒、尽快修复，调剂种苗供应，为灾后恢复生产做好准备。
