根据2009年全国秋季重大动物疫病防控工作会议精神和《农业部办公厅关于开展2009年秋季全国重大动物疫病防控情况检查的通知》要求，11月8日至12日，农业部秋季重大动物疫病防控工作检查组赴上海进行秋季重大动物疫病防控情况检查。检查组听取了上海市畜牧兽医办公室关于上海市“秋防”工作情况的汇报，查阅了重大动物疫病的疫苗管理、强制免疫、疫病监测等文件资料，并实地检查了崇明县的2个乡镇、2个村、4个规模养殖场、36户散养户、1个生猪屠宰场和1个活禽交易市场，采集畜禽全血样品共200份。
农业部检查组反馈意见认为，上海市的秋季重大动物疫病防控工作扎实，成效明显，体现在五个方面：一是周密部署，落实工作责任。上海市各级部门层层落实重大动物疫病防控工作责任制，做到了一级抓一级，条条有人抓，块块有人管，为动物防疫工作体系的完善和各项防控措施的落实起到了保障作用。二是加强防疫，构建有效屏障。上海市秋防工作整体开展情况较好，从防控经费落实、疫苗组织和供应，到防疫工作认真开展，层层部署，扎实推进，确保做到了“应免尽免、不留空档”。三是强化监测，确保工作质量。上海市每年对家禽养殖场进行3次禽流感集中监测，对家畜养殖场进行猪瘟和高致病性猪蓝耳病等集中监测，对活鸡批发市场每周进行血清学和病原学监测，对侯鸟栖息地每月进行病原学监测，对奶牛每年开展2次两病的集中监测，监测面达到100%，且阳性牛均做到无害化处理。四是夯实基础，确保工作开展。上海市建立了一支千余人的专业动物防疫队伍，为免疫工作开展奠定了基础。同时，专门下达散养畜禽重大动物疫病免疫注射补助专项经费，把免疫、畜禽标识加挂、免疫档案建立和免疫效果评价等情况作为考核内容，与报酬补贴挂钩，既确保了免疫工作的质量，也为队伍的稳定起到了良好的促进作用。五是切实开展病死畜禽无害化处理。上海市率先建成了国内第一个病死畜禽无害化处理焚烧站，对病死畜禽统一收集后进行无害化处理，此项工作对防控重大动物疫病和维护公共卫生安全发挥了重要作用。
农业部检查组在充分肯定本市动物防疫工作成绩的同时，对本市下阶段重大动物疫病防控工作提出了两点建议：一是加快推进追溯体系建设试点工作，尽快建成市级追溯体系数据中心，积累宝贵经验，为其他省市的建设工作起到示范引领作用。二是进一步加强基层动物防疫队伍建设，积极协调有关部门，确定乡镇兽医站和村级动物防疫队伍的建设方案，从根本上稳定基层动物防疫队伍，为建立动物防疫工作的长效机制打下坚实的基础。
