30年来，随着调整改革的不断到位，中国动物卫生与流行病学中心的机构和职责任务、管理体制和运行机制发生了根本性的变化，实验室条件和人员的素质能力有了显著的改善和提高，中心的建设得到了全面加强，已经成为国家重大动物疫病防控体系中的重要力量。实现了从最初承担动物检疫技术指导和疑难疫病诊断等微观研究，向流行病学调查监测、动物卫生风险评估、外来病防范及技术储备、国际兽医事务综合分析、防疫法规研究、标准制修订和诊断试剂研发等宏、微观结合的职能转变，建立了动物卫生风险评估和流行病学平台等八大平台，成为国家重大动物疫病防控体系的重要组成部分。
实验室建设平台
实验室建设不断加强，为确保各项职能任务的完成和适应国际兽医行业快速发展的需要，中心不间断地对实验室进行了大规模的建设和改造，实验楼面积达到19000平方米，专用实验仪器622台（件、套），一般设备234台（件、套）。国家牛海绵状脑病参考实验室、国家新城疫参考实验室、国家动物血清库、国家动物疫病诊断液制备中心和国家动物流行病学研究中心项目建设达到了目前国内同行业领先水平。特别是国家牛海绵状脑病参考实验室，承担着疯牛病、痒病等重大动物外来病的防控技术研究，取得了突出的成就，多项研究成果达到国际或国内先进水平。
流行病学平台
流行病学调查分析工作取得了实质性进展。按照农业部的统一部署，积极组织协调有关方面持续在全国开展禽流感、口蹄疫、布病等重大动物流行病学调查监测工作，近年来，先后向农业部提供动物卫生状况、家禽疫病监测、家畜疫病监测、无疫病示范区流行病学调查分析、人畜共患病监测报告50多份，为掌握重大动物疫病状况和流行规律、评估动物疫病风险和防控效果、提高动物疫病防控工作能力等提供了大量的调查监测数据和理论技术支持。开创了动物流行病学理论研究和实践应用新局面，为农业部动物疫病防控策略制定和防治措施的实施提供了科学的政策建议。科技成果不断出现，平台鉴定成果10余项，3项技术达到国际先进水平，6项成果获国家和省部级科技进步奖，对行业的支撑能力不断增强。
外来动物疫病诊断研究平台
重大外来动物疫病及新发病防控技术措施研究取得了重要成果。根据国外动物疫病发生和流行情况，积极开展了疯牛病、痒病、小反刍兽疫、尼帕病、西尼罗河热、非洲猪瘟、非洲马瘟、裂谷热、结节皮肤病等重要外来病的研究和监测工作，通过10多年广泛的国际合作和技术引进，我国在外来病诊断技术方面与发达国家的差距明显缩短。研制并储备了疯牛病、小反刍兽疫等12种外来病的诊断技术和诊断试剂，制定符合国际标准的国家标准5个。外来病方面的技术成就，不断得到国际组织和专家的认可。
动物卫生风险评估平台
无规定动物疫病区建设指导及动物卫生评估工作深入开展。为规范动物疫病的区域化控制措施，推进无疫区评估和国际认可，在深入系统研究动物疫病区域化管理理论与技术措施的基础上，为规范动物疫病的区域化控制措施，推进无疫区评估和国际认可，中心承担了相关法律法规、技术规范、指导性文件的起草工作，先后参与新修订《动物防疫法》有关动物疫病区域化管理基本法律制度的研究起草；承担了《无规定动物疫病区评估管理办法》、《无规定动物疫病区管理技术规范》，以及《无马流感区标准》等16个无马属动物疫病区标准的起草工作；开展了生物安全隔离区划管理技术措施的研究及相关标准的起草工作，为农业部提供动物疫病区域化管理与无疫评估的技术支持，为无疫区建设、管理与国家评估提供了技术指导。
防疫检疫标准建设和动物卫生法律研究平台
动物卫生法律比较研究成效突出。系统地开展了国内外动物卫生比较研究，考察和研究了数十个国家和相关国际组织的动物卫生法律制度，形成了一批研究成果，完善了动物卫生法律理论体系。多数研究成果被国家兽医管理体制改革和动物卫生立法所采用。承担了国家首期官方兽医培训班。
动物防疫标准和诊断试剂研究工作成果显著。加大标准审查清理力度，开展国际动物卫生标准法规研究，参与OIE法典和手册修订工作。加强诊断技术、诊断试剂及技术工艺的研究创新。截至2008年底，全国动物防疫标准化技术委员会归口的国家、行业标准共有337项，已发布的动物疫病诊断标准涉及到70多种动物疫病，涉及到我国法定疫病中的58种，覆盖率达到82％。积极跟踪和研究国际标准。截至目前，参照国际标准制定的标准总量已超过50%。
国际兽医事务综合分析平台
参与国际兽医事务工作能力不断提高。全面加强与世界动物卫生组织（OIE）、联合国粮农组织（FAO）、世界贸易组织（WTO）等国际组织及发达国家的合作，积极参与相关国际会议。向南太平洋岛国、南非及东南亚国家提供技术援助。组织开展贸易国动物卫生状况研究、官方评议及动物卫生信息问卷等综合分析工作，为农业合作交流和农产品进出口贸易谈判提供了技术支持。
动物疫病诊断试剂平台
中心经过近30年努力，构建了诊断试剂工艺技术研究、标准化生产和商务运作的诊断试剂平台体系，目前各种抗原、抗体批量化纯化制备及其标记技术基本建立，产品的集成和转化技术日益成熟，16项动物疫病诊断试剂产品获得国家新兽药证书和生产文号，产品涉及琼脂扩散试剂、血凝和血凝抑制试剂、胶体金试纸条、ELISA试剂盒、PCR及RT-PCR试剂盒等。新城疫、禽流感、布氏杆菌病等重大疫病诊断试剂在全国范围内推广应用，并被联合国粮农组织及东南亚国家采用。
近10年来，中心专家主持和承担十五、十一五、863、948以及科技成果转化等20多项有关诊断技术方面的重大科研项目。2006年由所内各业务部门提交的禽流感、口蹄疫、新城疫、疯牛病、痒病、猪瘟、伪狂犬病、布病等重要疫病诊断试剂注册材料多达27种。目前，中心以诊断试剂研究室为基础的技术工艺研究平台、以GMP车间和实验动物房为基础的工业化生产平台、以青岛立见诊断技术发展中心为基础的商务运作平台体系已经形成，技术工艺研究不断出现新的突破，产品转化与市场运作能力逐步增强，产品质量得到了广泛的社会认可，试剂用于全国各省，并多次得到世界粮农组织的采购。
动物产品卫生质量监督检验测试平台
质检中心于1991年在原农业部动物检疫所第一诊断室的基础上成立，是农业部动物卫生及动物产品质量安全部级专业检测机构。质检中心主要承担全国动物产品质量安全普查、例行监测等任务，开展国内外动物产品质量安全风险分析和评估工作，动物产品检验检测技术的研发和标准的制修订，国内外动物产品质量安全对比度分析研究和国内外合作与交流，动物产品质量安全重大事故、纠纷的调查、鉴定和评价，质量安全认证检验、仲裁检验和其他委托检验任务，以及负责动物产品质量安全方面技术咨询和技术服务，为区域性检测中心、省级综合性检测中心等提供专业技术服务和人才培训等职能工作。
质检中心在完成检测任务的同时，还承担了多项科研项目，并取得了可喜成果。履行服务行业职能。农产品质量安全监测。自2003年开始承担农业部下达的“无公害食品行动计划”监测工作以来，质检中心2003年－2008年共对全国20批次城市445个屠宰场、466个农贸市场、449个超市，共9345份样品进行了抽检；全国畜禽产品卫生质量普查。质检中心在2002年就承担了出口畜产品质量安全普查工作，2005年－2008年又连续4年对国内农贸市场、超市的畜禽产品进行了质量安全普查，通过与出口企业的卫生质量状况的比较分析，提出了政府对国内企业生产管理体系的认证监督建议。
