云南省有着4061公里的漫长边境线，独特的地理区位、气候特点注定了它也是一个微生物、病毒王国，疫病传入风险大。由该省动物疫病预防控制中心与成都军区疾病预防控制中心军事医学研究所、云南农业大学动物科技学院、云南省畜牧兽医科学院共同参与的该项目，自2004年初开始构建，目前处于全国领先水平。
体系以边境沿线地区、水网地区、养禽业密集区以及候鸟迁徙沿线地区的346个监测点为基础，11个动物疫情测报站和19个边境动物疫情监测站为网络，州市动物疫病预防控制机构为枢纽，省动物疫病预防控制中心为平台。
监测预警体系在应对甲型H1N1流感防控中，通过所建立的预警体系，对2100多万头生猪进行了临床观察，未发现疑似病例，从2004年以来，对3752份猪鼻腔棉拭子样品进行了甲型流感病毒核酸监测，所有样品均为阴性。
