1基层动物防疫体系亟待加强和完善
继推进兽医管理体制改革相关政策后，各地乡镇动物防疫机构工作人员的三定问题仍没有得到有效落实,兽医管理体制建设的相对滞后,极大地压抑了工作人员的积极性、主动性和创造性,致使免疫计划、防疫监督等工作得不到有效落实,一定程度上影响了免疫屏障构建和重大动物疫病的防控。
2乡镇政府对动物防疫工作的重视程度不够
部分乡镇政府对基础免疫工作重视不够，主要表现在大部分乡镇没有把动物基础免疫工作纳入村委的年度目标和业绩责任考核，在免疫过程中又缺少督导检查，致使村委和乡镇包村干部在免疫实施中存在组织宣传不力和不作为现象，制约了免疫密度的提高。
3村级协防员的配置和素质有待规范和提高
村级协防员应当根据村庄大小及畜禽存栏的多少合理配置。一个行政村的畜禽存栏普查及免疫注射，即使不算以后的查漏补防及其他工作任务，也需要十天左右的时间，按当前农民临时打工所得报酬衡量看，协防员付出的劳动和得到的经济报酬反差很大。因此，协防员的补助也应当随着社会的发展同步提高，并和工作业绩挂钩，从而保证协防队伍的稳定和工作的积极性。通过加强协防员的技术培训和实践锻炼，不断提高协防员的业务素质，使其尽快取得养殖户的信任和支持，从而形成坚实的防疫体系网络。
4疫苗的包装应当符合农村畜禽养殖的特点
散养畜禽是农村养殖的主体，特别是禽类的饲养管理粗放，大多没有笼舍，因此散养禽类的免疫一般都是在晚上进行，费时费力，工作难度大。加上养殖户的分散和晚上工作时间的限制，小容量包装的疫苗更符合实际要求，既在一定程度上保证了疫苗的质量，又减少了疫苗的废弃。
5养殖户的观念需要进一步的引导和转化
受传统思想的影响，部分养殖户对免疫工作的认识仍存在误区，简单的认为即使发生疫病（如散养禽类），造成的经济损失较小，而不重视和配合疫病防控。即便在取消免疫收费的情况下，由于他们对疫苗保护率和免疫副反应认识不清，片面的怀疑防疫效果往往拒绝免疫。另外就是养殖户对疫病有所了解，认为某些疫病不做免疫即使发病，畜禽也不至于大批死亡，缺乏防控疫病的大局意识。
