根据《国务院办公厅转发财政部、科技部关于改进和加强中央财政科技经费管理若干意见的通知》，从2006年开始，财政部启动实施了“公益性科研院所基本科研业务费专项资金”，农业部所属中国农业科学院、中国水产科学研究院和中国热带农业科学院共30个公益性研究机构获得了资助。三年来，三院获得专项资金3.9843亿元，共支持了1500个项目，项均经费26.56万元。通过专项支持，已获专利授权144项，发表论文1362篇（其中SCI/EI期刊文章117篇），撰写著作42部。基本科研业务费实施三年，成效显著，成果丰硕。
一是培养了一批中青年科技人员。作为以院所自主管理为主的科研项目，基本科研业务费主要用于支持开展符合公益职能定位，代表学科发展方向的自主选题研究工作，重点支持40岁以下科技人员。三院1500名项目负责人中，40岁以下的青年科研骨干占了93%。专项的实施使他们的研究能力、组织协调能力和管理能力均得到了锻炼，科研竞争力得到实质性增强。在专项的扶持带动下，培养造就了一批青年科技将才和科技新秀，促进了他们独立申报国家各类科技计划项目的能力。专项负责人累计获得各类国家科技计划44个项目，包括863计划、国家自然科学基金、公益性行业科研专项和农业部行业科技专项等。
二是涌现出一批创新团队。部属三院优先资助优秀学科带头人和中青年科研骨干组成的科研团队，促进院所科技创新团队建设。如中国热带农业科学院环植所新成立的环境保护学科，在专项资助下，研究团队已基本形成并初具规模。中国水产科学研究院水产品质量安全和渔业经济与发展战略研究、东海所水产生物技术、黑龙江所的水产病害防治和饲料营养研究等领域的团队得到较大支持，成长迅速，淡水生态观测研究进展顺利。中国农业科学院在基本业务费专项中专门设立了创新团队基金，瞄准国家战略发展目标、重大科技专项和学科前沿问题以及多学科交叉的新学科增长点，开展重大农业基础和应用基础研究，关键技术研究、战略高技术研究和全局性科技基础性工作。
三是丰富发展了国家科技计划体系。在现有国家科技计划体系中，一方面一些常规传统学科支持非常有限，基础科研的系统性、长期性和稳定性受到影响；另一方面，许多前瞻性预研和储备性研究也难以得到支持，使得科研储备与创新后劲不足。基本科研业务费专项的设立，开辟了新的项目经费渠道，对现有国家农业科技计划从源头和基础上可以得到一定程度的弥补，促进以基本科研业务费专项为底座、行业科研专项为中下、“863”计划、“973”计划和国家科技支撑计划为中上、重大专项为顶尖的金字塔式国家科技计划体系结构的形成。
四是孵育了一些新兴学科。在基本科研业务费的支持下，科研人员开拓思维、创新方法，为拓宽学科领域创造了条件，为促进和培育新兴学科提供了发展助力。三院立足于解决各个生产环节的实际需求和关键技术，约1/4的项目用于开展孵化性应用性技术研究，不少项目取得了重要进展。中国农业科学院作物研究所，通过连续三年基本科研业务费项目研究，国审大豆品种“中黄13”全国推广面积连续两年位居全国第一, 2008年累计推广面积达3000多万亩, 小麦品种“轮选987”，累计推广300多万亩,均取得了良好的社会效益。中国农科院哈兽研所瞄准产业急需，通过专项支持开展了相关疫苗研发，已完成了重组禽流感病毒灭活疫苗、高致病性猪蓝耳病活疫苗等的临床前研究，部分疫苗已投入市场应用。中国水产科学研究院通过专项支持，研究开发了2个新型水质调节剂产品，建立了对虾养殖池塘水环境浮游藻相平衡控制技术，优质藻相保持时间达100天以上，在实现节能降耗,推进养殖方式转变方面取得了新进展。
五是探索完善了科技计划管理方式。基本科研业务费采取以院所管理为主的方式，极大调动了科研院所的积极性和创造性。中国农业科学院部分单位在绩效考评体系设计中采取了根据研究方向和目的划分项目类别，将考核结果和预算分配相结合等办法实现对科研业务费项目的绩效考核。中国水产科学研究院实行了项目责任人制度，规定须有具高级专业技术职务的人员作为项目责任人，具体指导项目申报设计并参与课题实施，保证了项目申报质量及完成水平。
